妊娠期抗生素的应用需要考虑药物对孕妇和胎儿两方面的影响。对胎儿有致畸或明显毒性作用的药物，如四环素类、喹诺酮类等，妊娠期应避免应用。对孕妇和胎儿均有毒性作用的药物，如氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素等，妊娠期应避免应用；确有应用指征时，须在血药浓度监测下使用，以保证用药安全有效。妊娠期感染应使用药物毒性低、对胎儿及孕妇均无明显影响、也无致畸作用的药物，如青霉素类、头孢菌素类等β内酰胺类等。
美国食品与药物管理局(FDA)按照药物在妊娠期应用时的危险性分为A、B、C、D及X类。
A类：在孕妇中研究证实无危险性，可供药物选用时参考，妊娠期可安全使用；
B类：在动物研究中无危险性，但人类研究资料不充分，或对动物有毒性，但人类研究无危险性，有明确指征时慎用；
C类：在动物研究中显示毒性，人体研究资料不充分，但用药时可能患者的收益大于危险性，在确有应用指征时，充分权衡利弊决定是否选用；
D类：已证实对人类有危险性，但仍可能收益多于危险性，应避免应用，但在确有应用指征、且患者受益大于可能的风险时，在严密观察下慎用；
X类：对人类致畸，危险性大于收益，禁用。
妊娠期感染者接受氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素、氯霉素、磺胺、氟胞嘧啶治疗时，必须进行血药浓度监测，据以调整给药方案。
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哺乳期抗生素的应用
哺乳期感染者接受抗生素治疗后，药物可自乳汁分泌，通常母乳中药物浓度不高，不超过哺乳期患者每日用药量的1%；少量药物乳汁中分泌量较高，如氟喹诺酮类、四环素类、大环内酯类、氯霉素、磺胺甲噁唑、甲氧苄啶、甲硝唑等。青霉素类、头孢菌素类等β内酰胺类和氨基糖苷类等在乳汁中浓度低。然而，无论乳汁中药物浓度如何，均存在对乳儿的潜在影响，并可能出现不良反应，如氨基糖苷类抗生素可导致乳儿听力减退、氯霉素可致乳儿骨髓抑制，磺胺甲噁唑等可致核黄疸、溶血性贫血，四环素类可致乳齿黄染，青霉素类可致过敏反应等。因此，治疗哺乳期感染者时，应避免选用氨基糖苷类、喹诺酮类、四环素类、氯霉素和磺胺等药物。哺乳期感染者应用任何抗生素时，均宜暂停哺乳，停止哺乳时间可根据不同药物代谢的时间而定。
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