linux如何安装软件

1.简单了解conda--“linux的应用商店”

2.给你的服务器下载miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
安装最新版本（latest）
右键-复制下载链接

`cd ~/biosoft`
`wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh`

鼠标左键复制
鼠标右键粘贴
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀

image.png

3.安装和配置miniconda

bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh.1

image.png

#安装成功后激活
source ~/.bashrc#激活conda
conda

不成功：删除miniconda目录，从3.开始
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

4.使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。

1查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

image.png

2.安装软件`conda install fastqc -y`

-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

image.png

ctrl+c 终止
ctrl+z

3确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help 出来大片文字，帮助文档，说明安装成功

image.png

4 卸载软件

conda remove fastqc -y

5.不同的生信实战项目，需要定制conda的分身

conda环境：不同的项目，定制不同的分身，需要用到不同的软件，互不干扰。分身就是conda 环境

1查看当前有哪些conda环境

conda info --envs
(* 默认)

2 处理转录组数据

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
image.png
创建完之后，再次查看conda 环境，conda info --envs
image.png
环境多了一个rnaseq 默认还是base
激活新的conda环境 conda activate rna-seq
(*转移到rnaseq，用户名root前面出现了（rna-seq）
image.png
输入fastqc，出现大片信息，说明可以使用了
退出conda 环境 conda deactivate