写在前面

作为一名科研狗，重来，是研究生，想来最重要的就是课题能否顺利的进行，当满心欢喜的搞好了实验设计发给老板，一天不到就被打回来，内心那是满满的崩溃。但是和小伙伴出去浪一下，不对，是学术交流一下，听他们说说不靠谱的实验设计做不下去了，要换题重头来，马上就释怀了，还有点窃喜老板指出了至关重要的问题。所以今天我们就聊聊我之前实验设计的关键性的问题--------lncRNA非常低的保守性。这个问题对于只想发个5分以下文章的朋友来说无关痛痒，请自动忽略。但是如果你想让自己的文章高大上，加一点动物实验，那么问题来了，你最爱的那个lncRNA在小鼠中有同源序列吗？研究发现，人与小鼠间lncRNA的保守性仅20%，那么你是否是那幸运的20%呢？如果不在那20%还有没有办法做动物实验呢？接下来我们康康如何找到lncRNA的同源序列。

20%的幸运儿

最简单的方法就是NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）直接搜索，就拿经典的lncRNA Xist举个栗子，首先进入NCBI选择Gene*****数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)，输入Xist，如果你在Results by taxon这个位置看到了Mus musculus******，*那么恭喜你，你就是幸运的那20%，你研究的lncRNA在人和小鼠当中都存在。

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剩下的只需要进入这个基因的具体信息界面，点进去找到Genomic-FASTA格式保存序列就大功告成了。

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80%的大多数人

当然对于我们大多数人而言，可能就没那么幸运了。所以这里我们就来说一下80%的情况。这个时候我们可以参考一片一篇2018年发表在nature medicine上的文章，作者团队是最初是在小鼠中发现一个lncRNA MeXis并研究其作用，最后在人体细胞中验证功能。这里我们就借鉴这个文献的方法来尝试去寻找那80%的解决办法。

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我们边讲解文章边展示相关步骤，首先交代一下文章背景，LXR一种固醇激活的核受体，可调节维持胆固醇稳态的相关基因表达，与动脉粥样硬化的发病息息相关，作者最初目的是研究LXR在动脉粥样硬化发展中的作用。通过激活小鼠腹膜巨噬细胞中LXR后做转录组分析，获得了受到调节的一系列lncRNA。

基于之前的研究，作者知道Abca1是LXR的一个调节因子。由于lncRNA的功能常与邻近基因功能相关(所谓的cis调控)。所以基于基因组位置定位。作者找到了Abca1邻近的lncRNA MeXis（AI427809）。作者在人体细胞验证时，同样以ABCA1的定位作为参考。接下来我们实际操作一下。

这次我们使用UCSC（https://genome.ucsc.edu/）数据库，在数据库主页选择Mouse CRCm38/mm10

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输入Abca1，选择第一个基因。

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默认的是不存在其他物种同源性比对的结果的。所以我们需要调整出同源性区域。在Comparative Genomics的conservation选择full。

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接下来选择lncRNA MeXis（AI427809）区域，可以看到鼠MeXis在人类中的同源区域。点击同源序列区域进入到Multiz Alignments 界面，将鼠标放在Human的B的位置会显示MeXis对应在人类中的同源序列区域是chr9:107,813,887-107,833,248，

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知道保守性区域之后，我们在在human GRCh37/hg19中定位到lncRNA TCONS00016111, 有的同学可能看不到这个lncRNA，你只需要把Genes and gene predictions中的lincRNAs选成full就ok啦。

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通过以上的步骤，我们就找到了两个lncRNA了。最后对找到两个lncRNA的序列在MAFFT （https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/）或者其它序列比对的软件中blast一下看看究竟有多少同源序列。

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这个就是找到同源lncRNA的方法，当然啦，可能这种方式找到的lncRNA在位置上有一定误差，可能部分重合，还要结合后续实验验证，今天就到这里啦。

总的来说

对于lncRNA的跨物种研究，由于其保守性相对来说很低，所以想要找到相同基因在不同的物种上，可能需要花费一些时间。以上提供了一个简单的操作方法。有需要进行跨物种的研究lncRNA的，可以试一下。另外对于跨物种序列的比较。一般而言都是通过进化分析来看的。关于进化分析的基本操作以及可视化。可以参考我们第二个和第三个帖子。