题外：好久没有在简书上面发过东西了，上次发文的时候我还是一名徒有其表的生物信息工程师，而现在已经在研究僧的苦海中扑腾了。目前课题组生信基础较为薄弱，我也希冀将自己掌握的东西做个记录，苦于没有很强的动力，所以停滞不前。手边目前可以用学校的曙光超算，用一台超算来进行基础学习，可真的是有一丢丢奢侈 。
正文:
发现超算中心给我的开的账号家目录是空的，好吧，软件安装，从0开始。
1.下载R程序
wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.3.0.tar.gz
2.解压 下载的压缩包
tar -zxvf R-3.3.0.tar.gz
3.切换到软件目录中
cd R-3.3.0
4.进行编译(每行依次复制粘贴回车）
./configure
make
make install
5.验证安装是否成功
输入字母R回车即可
image.png
6.安装时候出现的bug
image.png
在3中的第三步中，出现了报错，提示信息：mkdir: cannot create directory ‘/usr/local/lib64/R’: Permission denied
可知，权限不足。默认安装到/usr/local/lib64/R，习惯性的加了sudo（以管理员权限执行）命令再次运行仍然不行，想到超算只给了我家目录权限，而其他任何目录，连访问都不可以，所以，指定安装目录即可解决
make DESTDIR=~/R-3.3.0/bin install
2.编译结束，输入R，仍然提示
bash: R: command not found...
原因: R命令未添加至环境变量中
验证：键入安装R的 绝对路径
eg：
~/R-3.3.0/bin/R # 由上面的1中，我将R装在了这个目录中~/R-3.3.0/bin，所以目录 后面缀R即可
3.如何运行R 不输入绝对路径
将R命令添加至环境变量中，即可
echo alias R="~/R-3.3.0/bin/R">>./bashrc && source ./bashrc #表示将R设为全局变量并且激活刷新使新增加的环境变量生效。
image.png
@外星人不吃饭
《生物信息王者之路》
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