美文网首页
常用软件命令

常用软件命令

作者: 清晨起床满满正能量_Go | 来源:发表于2019-01-07 14:50 被阅读0次

FastQC

./FastQC/fastqc -o ./chipseq/QC -t 10 case.fq

Bowtie

./miniconda3/bin/bowtie -e 70 -k 2 -n 2 -m 2 -S -q genome case.fq

./software/samtools-1.0/samtools view -Sb case.sam > case.bam

./software/samtools-1.0/samtools sort case.bam case.sort

Macs

macs14 -p 1e-9 -w -S --keep-dup=auto --wig --single-profile --space=50 -c Input.sort.bam -t STAT3.sort.bam -g hs -n test_macs

./jy/miniconda3/bin/macs2 callpeak -t Input.sort.bam -c STAT3.sort.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01

macs2 callpeak -t input_dechrM_picard.sort.bam -g hs --keep-dup all --name name_BAMPE --bdg --broad --SPMR --nomodel --extsize 200 -q 0.01

BedTools

./software/bedtools2/bin/bedtools intersect -a 2000.bed -b macs_peaks.bed -wo > TE3_control.bed

BED-process

cat gene_2000_4.bed |sed 's/"//g' > gene_2000_5.bed

awk '{gsub(" ","\t"); print $0 }' gene_2000_6.bed > gene_2000_7.bed

sed -i '1d' gene_2000_2.bed > gene_2000_7.bed

Fimo

./software/bedtools2/bin/bedtools getfasta -fi genome.fa -bed H3K27ac_peaks.bed -fo H3K27ac_peaks.fa -name

./meme_4.12.0/src/fimo -verbosity 1 -text VertebratePWMs.txt H3K27ac_CM_Rep_1_peaks.fa > fimo.txt

相关文章

  • 常用软件命令

    FastQC ./FastQC/fastqc -o ./chipseq/QC -t 10 case.fq Bowt...

  • linux常用命令备用

    1.常用软件命令 2.文件命令 3.网络命令 4.编辑命令 Shift+G最后一行gg 跳转到第一行数字gg 跳转...

  • Linux常用命令

    远程连接常用软件 SecureCRTputty这里统一下载SecureCRT,进行操作; 常用操作命令介绍 自动补...

  • Linux入门精华版

    一文读懂Linux 学习目标 Linux 操作系统 常用命令:通过命令完成系统常用操作 常用软件的使用(中文输入法...

  • Ubuntu常用软件命令

    今天想写一下我在Ubuntu下安装的一些软件的命令,以防忘记,至于如何安装双系统,等我真正学会的时候再来记录: 安...

  • Homebrew-Cask

    Homebrew 的一个扩展。安装和管理 macOS 图形界面程序官网 安装 常用命令 常用软件

  • MAC 常用软件

    MAC 常用软件 目录 编辑器 开发者工具 测试工具 命令行工具 版本控制 数据库 设计和产品 虚拟机 通信 数据...

  • ubuntu环境搭建

    安装常用软件 安装chrome: 第一步:到官网下载安装包(deb格式)第二步:运行命令 sudo dpkg -i...

  • Docker安装常用软件2

    docker安装常用软件1docker安装常用软件3 目录: 新增:9.Docker安装 FTP 6.Docker...

  • ubuntu开发常用软件安装

    ubuntu开发常用软件安装

网友评论

      本文标题:常用软件命令

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/lreurqtx.html