显庆五年 660年
十二月，壬午，以左骁卫大将军契苾何力为浿江道行军大总管，左武卫大将军苏定方为辽东道行军大总管，左骁卫将军刘伯英为平壤道行军大总管，蒲州刺史程名振为镂方道总管，将兵分道击高丽。青州刺史刘仁轨坐督海运覆船，以白衣从军自效。
龙朔元年 661年
三月，初，苏定方即平百济，留郎将刘仁愿镇守百济府城，又以左卫中郎将王文度为熊津都督，抚其馀众。文度济海而卒，百济僧道琛、故将福信聚众据周留城，迎故王子丰于倭国而立之，引兵围仁愿于府城。诏起刘仁轨检校带方州刺史，将王文度之众，便道发新罗兵以救仁愿。仁轨喜曰：“天将富贵此翁矣！”于州司请《唐历》及庙讳以行，曰：“吾欲扫平东夷，颁大唐正朔于海表！”仁轨御军严整，转斗而前，所向皆下。百济立两栅于熊津江口，仁轨与新罗兵合击，破之，杀溺死者万馀人。道琛等乃释府城之围，退保任存城；新罗粮尽，引还。道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招集徒众，其势益张。仁轨众少，与仁愿合军，休息士卒。上表诏新罗出兵，新罗王春秋奉诏，遣其将金钦将兵救仁轨等，至古泗，福信邀击，败之。钦自葛岭道遁还新罗，不敢复出。福信寻杀道琛，专总国兵。
龙朔二年 662年
七月，丁巳，熊津都督刘仁愿、带方州刺史刘仁轨大破百济于熊津之东，拔真岘城。
初，仁愿、仁轨等屯熊津城，上与之敕书，以“平壤军回，一城不可独固，宜拔就新罗。若金法敏借卿留镇，宜且停彼；若其不须，即宜泛海还也。”将士咸欲西归。仁轨曰：“人臣徇公家之利，有死无贰，岂得先念其私！主上欲灭高丽，故先诛百济，留兵守之，制其心腹；虽馀寇充斥而守备甚严，宜砺兵秣马，击其不意，理无不克。既捷之后，士卒心安，然后分兵据险，开张形势，飞表以闻，更求益兵。朝廷知其有成，必命将出师，声援才接，凶丑自歼。非直不弃成功，实亦永清海表。今平壤之军既还，熊津又拔，则百济馀烬，不日更兴，高丽逋寇，何时可灭！且今以一城之地居敌中央，苟或动足，即为擒虏，纵入新罗，亦为羁客，脱不如意，悔不可追。况福信凶悖残虐，君臣猜离，行相屠戮；正宜坚守观变，乘便取之，不可动也。”众从之。时百济王丰与福信等以仁愿等孤城无援，遣使谓之曰：“大使等何时西还，当遣相送。”仁愿、仁轨知其无备，忽出击之，拔其支罗城及尹城、大山、沙井等栅，杀获甚众，分兵守之。福信等以真岘城险要，加兵守之。仁轨伺其稍懈，引新罗兵夜傅城下，攀草而上，比明，入据其城，遂通新罗运粮之路。仁愿乃奏请益兵，诏发淄、青、莱、海之兵七千人以赴熊津。
福信专权，与百济王丰浸相猜忌。福信称疾，卧于窟室，欲俟丰问疾而杀之。丰知之，帅亲信袭杀福信，遣使诣高丽、倭国乞师以拒唐兵。
龙朔三年 663年
四月，乙未，置鸡林大都督府于新罗国，以金法敏为之。
秋，八月，戊申，上以海东累岁用兵，百姓困于征调，士卒战溺死者甚众，诏罢三十六州所造船，遣司元太常伯窦德玄等分诣十道，问人疾苦，黜陟官吏。德玄，毅之曾孙也。
九月，戊午，熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等破百济馀众及倭兵于白江，拔其周留城。
初，刘仁愿、刘仁轨既克真岘城，诏孙仁师将兵浮海助之。百济王丰南引倭人以拒唐兵。仁师与仁愿、仁轨合兵，势大振。诸将以加林城水陆之冲，欲先攻之，仁轨曰：“加林险固，急攻则伤士卒，缓之则旷日持久。周留城，虏之巢穴，群凶所聚，除恶务本，宜先攻之，若克周留，诸城自下。”于是仁师、仁愿与新罗王法敏将陆军以进，仁轨与别将杜爽、抚馀隆将水军及粮船自熊津入白江，以会陆军，同趣周留城。遇倭兵于白江口，四战皆捷，焚其舟四百艘，烟炎灼天，海水皆赤。百济王丰脱身奔高丽，王子忠胜、忠志等帅众降，百济尽平，唯别帅迟受信据任存城，不下。
初，百济西部人黑齿常之，长七尺馀，骁勇有谋略，仕百济为达率兼郡将，犹中国刺史也。苏定方克百济，常之帅所部随众降。定方絷其王及太子，纵兵劫掠，壮者多死。常之惧，与左右十馀人遁归本部，收集亡散，保任存山，结栅以自固，旬月间归附者三万馀人。定方遣兵攻之，常之拒战，唐兵不利；常之复取二百馀城，定方不能克而还。常之与别部将沙吒相如各据险以应福信，百济既败，皆帅其众降。刘仁轨使常之、相如自将其众，取任存城，仍以粮仗助之。孙仁帅曰：“此属兽心，何可信也！”仁轨曰：“吾观二人皆忠勇有谋，敦信重义；但向者所托，未得其人，今正是其感激立效之时，不用疑也。”遂给其粮仗，分兵随之，攻拔任存城，迟受信弃妻子，奔高丽。
诏刘仁轨将兵镇百济，召孙仁帅、刘仁愿还。百济兵火之馀，比屋凋残，僵尸满野。仁轨始命瘗骸骨，籍户口，理村聚，署官长，通道涂，立桥梁，补堤堰，复陂塘，课耕桑，赈贫乏，养孤老，立唐社稷，颁正朔及庙讳；百济大悦，阖境各安其业。然后修屯田，储糗粮，训士卒，以图高丽。
刘仁愿至京帅，上问之曰：“卿在海东，前后奏事，皆合机宜，复有文理。卿本武人，何能如是？”仁愿曰：“此皆刘仁轨所为，非臣所及也。”上悦，加仁轨六阶，正除带方州刺史，为筑第长安，厚赐其妻子，遣使赍玺书劳勉之。上官仪曰：“仁轨遭黜削而能尽忠，仁愿秉节制而能推贤，皆可谓君子矣。”
麟德元年 664年
冬，十月，庚辰，检校熊津都督刘仁轨上言：“臣伏睹所存戍兵，疲羸者多，勇健者少，衣服贫敝，唯思西归，无心展效。臣问以‘往在海西，见百姓人人应募，争欲从军，或请自办衣粮，谓之“义征”，何为今日士卒如此？’咸言：‘今日官府与曩时不同，人心亦殊。曩时东西征役，身没王事，并蒙敕使吊祭，追赠官爵，或以死者官爵回授之弟，凡渡辽海者，皆赐勋一转。自显庆五年以来，征人屡经渡海，官不记录，其死者亦无人谁何。州县每发百姓为兵，其壮而富者，行钱参逐，皆亡匿得免；贫者身虽老弱，被发即行。顷者破百济及平壤苦战，当是时，将帅号令，许以勋赏，无所不至；及达西岸，惟闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，无以自存，公私因弊，不可悉言。以是昨发海西之日，已有逃亡自残者，非独至海外而然也。又，本因征役勋级以为荣宠；而比年出征，皆使勋官挽引，劳苦与白丁无殊，百姓不愿从军，率皆由此。’臣又问：‘曩日士卒留镇五年，尚得支济，今尔等始经一年，何为如此单露？’咸言：‘初发家日，惟令备一年资装；今已二年，未有还期。’臣检校军士所留衣，今冬仅可充事，来秋以往，全无准拟。陛下留兵海外，欲殄灭高丽。百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦共为影响，若无镇兵，还成一国。今既资戍守，又置屯田，所借士卒同心同德，而众有此议，何望成功！自非有所更张，厚加慰劳，明赏重罚以起士心，若止如今日已前处置，恐师众疲老，立效无日。逆耳之事，或无人为陛下尽言，故臣披露肝胆，昧死奏陈。”
上深纳其言，遣右威卫将军刘仁愿将兵渡海以代旧镇之兵，仍敕仁轨俱还。仁轨谓仁愿曰：“国家悬军海外，欲以经略高丽，其事非易。今收获未毕，而军吏与士卒一时代去，军将又归；夷人新服，众心未安，必将生变。不如且留旧兵，渐令收获，办具资粮，节级遣还；军将且留镇抚，未可还也。”仁愿曰：“吾前还海西，大遭谗谤，云吾多留兵众，谋据海东，几不免祸。今日唯知准敕，岂敢擅有所为！”仁轨曰：“人臣苟利于国，知无不为，岂恤其私！”乃上表陈便宜，自请留镇海东。上从之。仍以扶馀隆为熊津都尉，使招辑其馀众。
——《通鉴 唐纪十六&十七 高宗上之下&中之上》
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