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blastn报错

blastn报错

作者: 徒唤奈何_c5f0 | 来源:发表于2024-10-13 20:43 被阅读0次

近期在集群跑几个污染分析的流程,从conda新装了blast,之后报错。

BLAST Database error: Error: Not a valid version 4 database.

查询可知,是因为blastn版本跟不上,但事实上我安装了最新的blast,conda查阅版本可知:

conda list
# packages in environment at /data/backup/gxl/3.software/miniconda3/envs/Blast:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
blast                     2.16.0               hc155240_2    bioconda

但是直接查阅blastn版本,结果显示仅为2.7,确实不能兼容最新的数据库格式。

(Blast) $blastn -version
blastn: 2.7.1+
 Package: blast 2.7.1, build Oct 18 2017 19:57:24

猜测为conda中的blast打包有问题。我又在本地安装了blast2.15,查阅可看到一切正常,于是本地安装后放到集群使用。

(Blast) root@XFM:/mnt/e# blastn -version
blastn: 2.15.0+
 Package: blast 2.15.0, build Nov 10 2023 17:55:33

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