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Ubuntu 通过FTP提交测序数据至SRA的简易方法

Ubuntu 通过FTP提交测序数据至SRA的简易方法

作者: 煮梦斋_bioinfo | 来源:发表于2020-11-14 16:18 被阅读0次

如何快速上传数据至SRA呢,此处有一个简单易操作,不需要安装,对新手友好的方法:
图文部分参见:Ubuntu 快速连接到ftp:https://jingyan.baidu.com/article/9f63fb91e97a6388410f0e59.html
第一步: 文件管理-other location
第二步: other location 最低部有一个connect to Server, 输入ftp://ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov 点击connect
第三步: 输入SRA 给你提供的用户名和账户
第四步:进入你的专属文件夹,这时候应该里边什么都没有,你用右键点击open in terminal, 在终端打开
第五步: 创建一个临时文件夹 mkdir upload,
进入临时文件夹 cd upload ,
将你的数据直接拷贝进去:

cp /home/data/* ./

等待传输完成就好

注:在提交SRA数据时,有几个小点可能会报错:
(1)项目简介不能出现特殊字符,如 微摩最好写成uM
(2)SRA metadata 下载的表格填完后无法识别时,使用在线表格一个一个输入

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