建立Hisat2要求格式的reference
hisat2-build -p 4 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon output.ref
-p : 线程数
--snp : SNP文件路径和文件名，可省略
--ss : Splice Site文件路径和文件名
--exon : 外显子文件路径和文件名
Index.png
生成的八个ht2文件共同构成了同一个Index，不可分开使用
hisat2-build -p 4 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon output.ref
-p : 线程数
--snp : SNP文件路径和文件名，可省略
--ss : Splice Site文件路径和文件名
--exon : 外显子文件路径和文件名
Index.png
生成的八个ht2文件共同构成了同一个Index，不可分开使用
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../refe...
hisat2 -t -x ~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/geno...
处理原始数据文件 rawdata质控 统计cleandatabase 建立索引 hisat2比对 排序 统计比对率...
本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtool...
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Step1. 下载参考组序列+建立索引 Index the reference genome 软件：bowtie2...
建立HISAT2索引 命令运行完成后，会在hg19文件夹下生成如下文件： genome.1.ht2genome.2...
hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中，在比对的过程中，不会将Alt SNP当做mismatc...
本文标题：hisat2: 建立reference
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/mtcacktx.html
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