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学习小组Day3 linux软件--及时雨

学习小组Day3 linux软件--及时雨

作者: 逢吉时雨 | 来源:发表于2019-10-11 01:10 被阅读0次

参考 生信星球 公众号教程

(1)准备工作
(2)开始使用conda

(1)准备工作

1.压缩软件 bzip2

一个压缩软件(或者说命令),一般服务器都有,阿里云免费版未自带

装了没?

输入bzip2,检查有没有这个软件,有的话会显示
我们这里not fund 果真没装


操作界面
现在就装
yum install -y bzip2

一顿命令猛如虎 就好了


操作界面

2. 软件管理Miniconda

手机“应用商店”的存在, 软件一键安装
日常生信使用小而精的【Miniconda】即可


参考 生信星球 公众号文章图
现在就装
  1. 登陆服务器,进入biosoft目录
cd biosoft  # biosoft是前面我们建好,专放软件的目录
  1. wget 命令 下载安装脚本
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   

sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的 —— 生信星球 公众号


操作界面
  1. 怎么安装miniconda

(如果安装失败,只需要从这里 重新开始)

用bash运行这个安装用的脚本

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

输入代码回车
一路敲 enter,或 yes ,敲到linux感谢你


操作界面

切记: 要激活

source ~/.bashrc  # 输入激活

再输入 conda, 出现满屏幕信息 就是安装成功啦

操作界面

添加镜像

我的理解是 国外出品,下载源 设置链接是清华的,保证速度

Windows系统:复制粘贴不是ctrl+c和ctrl+V,是鼠标左键和右键

下面代码一行一行 在linux运行

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
操作界面

准备工作正式结束!

(2)开始使用conda

  1. 查看当前所有软件列表
conda list
操作界面部分截图
  1. 搜索软件
    搜一下数据质控软件 fastqc
conda search fastqc 

结果是fastqc不同版本展示


操作界面
  1. 安装软件
    加上-y是自动安装
 conda install fastqc -y 

默认安装最新版本,
万一新版像window10 bug多
就要指定安装老版本
比如:指定版本号

conda install fastqc=0.11.7 -y
  1. 卸载软件
conda remove fastqc -y
操作界面

谢谢您的观看!


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