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转-NAMD中原子速度过快的问题

转-NAMD中原子速度过快的问题

作者: mCpG | 来源:发表于2017-10-21 11:22 被阅读0次
  1. 能量最小化不够,增加minimize的步数。能量最小化3000步一般是足够的,不必把能量最小化至收敛的情况,那样意义不大。消除一些明显不合理的构象就足矣。
  2. 能量最小化已经充分进行,还出现这个问题,那么说明模拟计算的步长过大,这样导致一些原子会在模拟进算出挨得过近,然后在下一步势能计算中受到过大的斥力被弹开,从而产生很高的速度。减小步长即可。这个情况发生在气相中较多,合适的步长是0.5 fs,液相的模拟1- 2 fs 都是合适的。
  3. 周期边界的情况下,如果周期单元的尺寸设置得过小的话,亦会出现这种情况,应当在元胞间留出适当的空隙。
  4. 如果周期边界留出了足够的空隙仍然无效,在设置文件中把margin的值设得更大一些,如将其值设置为3。

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