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Infernal对RNA进行注释

Infernal对RNA进行注释

作者: 斩毛毛 | 来源:发表于2020-09-24 11:08 被阅读0次

Infernal是一款用于注释RNA的软件,可以根据Rfam对RNA进行注释。

安装

可以选择Infernal下载进行安装
或者使用conda

conda install infernal=1.1.3

使用

  • 下载Rfam数据库

地址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam
可以下载最新的,本次下载是14.1/Rfam.cm.gz,并减压缩

gunzip Rfam.cm.gz
  • 建库

cmpress Rfam.cm
  • 检索

cmscan --tblout test.out -E 1e-5 -o test.result Rfam.cm config.fa

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