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HaplotypeCaller 原理

HaplotypeCaller 原理

作者: Thinkando | 来源:发表于2018-11-05 00:13 被阅读16次

1. gatk best practice

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2. four steps of HaplotypeCaller

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2.1 identify ActiveRegions

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2.2 Assemble plausible haplotypes

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  • 举例


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2.3 Score haplottypes using PairHMM

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2.4 Genotype each sample at each potential variant site

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