实验记录2
1、用cat浏览文件时，文件太大，一直在自动浏览，可用crtl+c终止浏览。
光标在顶格的位置时，可按crtl+c退出。
xshell中可以打印，选定内容后找到打印机即可。可调字体大小和xshell大小使其适应A4纸。
2、按照https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/installation下载安装cellranger
1）将cellranger-3.0.2和基因组GCF_000298735.2_Oar_v4.0_genomic.fna都放在data文件夹下。
2）再解压缩tar-xvf cellranger-3.0.2.tar.gz和tar-xvf GCF_000298735.2_Oar_v4.0_genomic.fna.gz。
3）再设置环境变量，以便可以调用cellranger，exportPATH=/home/zhuqh/data/cellranger-3.0.2:$PATH,/home/zhuqh/data/cellranger-3.0.2是cellranger所在的绝对路径。
4）再检查脚本，将这两天命令提交到平台。
cellranger sitecheck> sitecheck.txt
cellranger uploadyour@email.edu sitecheck.txt
5）验证是否成功安装
提交命令cellranger testrun--id=tiny到平台。
32核的跑8分钟，16核的60分钟。
结果产生一个叫tiny的文件夹，内容看不懂，但已经可以调用cellranger命令了，应该是成功安装了。
3、今天提交作业，但总是没有在跑，将基因组GCF_000298735.2_Oar_v4.0_genomic.fna和Ovis_aries.Oar_v3.1.dna.toplevel.fa都放入cellranger文件夹下。
写一条长命令且需要断开时，如果要换行写则要加上“\”，如果命令要写在一行则不用，例子见下下图显示。
主要是这两种报错待解决。
WARNING: configured to use 42GB of local memory, but only 29.1GB is currently available.
[error] Your reference does not contain the expected files, or they are not readable. Please check your reference folder on LoginNode.
每次提交作业或在平台上跑，无论报错与否都会产生id=LW0121中LW0121为名的文件夹，所以重跑必须改名字，否则会因为重名出现错误。
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