miniconda下载

• 清华大学开源软件镜像站--Miniconda

#下载安装
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#激活conda
source ~/.bashrc

conda镜像配置

#查看镜像
conda config --show channels
#添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
#设置安装时显示包的来源
conda config --set show_channel_urls yes
#移除镜像
conda config --remove https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

软件安装[以fastqc为例]

#软件检索
conda search fastqc
#软件安装【手动确认】
conda install fastqc
#软件安装【自动确认-y】 
conda install fastqc -y
#指定版本安装
conda install fastqc=0.11.9
#软件卸载
conda remove fastqc -y

创建新的conda环境

• 目的：满足不同工作环境需要的软件版本不同

#查看当前环境
conda info --envs

#创建新环境
conda create rna-seq

#激活/进入新环境
conda activate rna-seq

#退出当前环境
conda deactivate