前面讲到汉朝在政治体制上继承了秦朝，秦朝为了思想上的统一，在丞相李斯的建议下，采取了“焚书坑儒”的极端手段，将历代的经典著作和文献烧毁。到汉朝，虽然没有秦朝那么极端，但是在当时董仲舒的建议下，为了思想和意识形态的统一，也正式确立了儒家思想为国家的官方学说，《六经》在其占统治地位，而且儒家的地位也得到了前所未有的巩固。但是董仲舒的做法要比李斯柔和很多，也要积极很多，汉朝将儒家作为国家的官方学说，但是其他学说还是可以存在，并没有完全禁止，并且以儒家经典学说基础上增加了考试制度，为中国此后两千年的考试制度打下了基础，并人儒家思想代代相传。
那么儒家是如何在“百家”中取得胜利，占领中国古代的思想制高点的呢？这里有偶然也有必然。秦朝征服六国之后，靠的是法家的哲学思想治国。对内对外关系中都表现出法家的严酷思想。秦朝灭亡之后，人人都反对法家的严苛，认为秦朝统治者们完全不讲儒家的仁义道德。所有在汉朝改朝换代，取代秦朝之后，汉武帝就将法家当成了替罪羔羊。而在各家中，法家的思想和儒家和道家思想比较对立。所以，很自然在选择上有利于儒家和道家。但是，在道家思想中，认为好的政府应该少管闲事，所以当然统治者不喜欢这样的思想。儒家的社会、政治哲学是比较保守的，同时又在当时具有革命性，在本质上它是贵族政治，在当时孔子本书也是贵族出生，虽然后来流落民间，但是其思想本身来自于贵族思想。儒家思想认为有德有才的人应该就是社会位居高位的人，这是完全正确的。所以在这种历史背景下，汉朝选择儒家作为统计思想是完全可以理解的。
在“罢黜百家、独尊儒术”的背景下，汉朝的儒家思想在公元前1世纪左右又一次达到了登峰，与《六经》相对应，出现了《六纬》，是《六经》的补充，两者形成了儒家思想完整的体系。尤其在《六纬》中，将孔子更是神化了，说成是黑帝的儿子，还列举了很多出神入化的传奇事迹，显然都是汉朝人编撰的。把孔子说成了超人，有点类似基督教中耶稣的地位一样，甚至把儒家变成了宗教一般。但是不久以后，儒家中具有现实主义和理性主义的人，开始提出抗议，他们认为孔子并非神人或者超人，而是圣人。这一学派的儒家学者形成了古文学派，当时汉代的最大学者刘歆支持古人学派，而董仲舒为代表的是今文学派。这两个学派的争论，是中国学术史上最大的争议之一。从现在看这两派的来源很可能上溯到先秦儒家的两派，今文学派可能是先秦儒家理想派的继续，古文学派可能是先秦儒家现实派的继续。换句话说，今文学派出于孟子学派，古文学派出于荀子学派。
扬雄（公元前53—公元18），是古文学派成员，就是持有自然主义宇宙观的实例。他著的《太玄》在很大程度上充满了“反者道之动”的思想，这正是《老子》和《易经》的基本思想。而古文学派最大思想家无疑是王充（公元27年-公元100年），他以惊人的科学的怀疑精神，反对偶像崇拜，他主要的著作是《论衡》。在书中，王充反对甚至攻击阴阳家的学术，特别是天人感应的学说。
在王充去世后1个世纪左右，道家开始复兴之路，在公元3，4世纪，中国著名的学者一般都是道家思想家。而这些学者又常常是著名的佛教和尚的朋友，因为汉朝末年，佛教从印度传入中国，道教也在那个时候兴起。佛教是一个有组织的宗教，有自己的哲学体系，即佛学。道教虽然一贯反对佛教，但是道家却以佛教为盟友。
汉朝亡于公元220年，接着就是长期的分裂和混乱，直到公元589年的隋朝统一全国才宣告结束，这四个世纪，有两个特点，一个是频繁的战争和朝代的更替，有的统治南方，有的统治北方；另一个特征是几个游牧民族的兴起，有的用武力越过长城，定居华北，有的是和平移入的。这四个世纪被称为“南北朝”。在政治、社会方面，这是黑暗的几个世纪，有点类似工业476年结束罗马帝国后的欧洲黑暗的中世纪。在这段时间，在欧洲，基督教称为统治力量，在中国，佛教也迅速发展。虽然在政治、社会方面的黑暗的，但是这一期间中国的文化也是迅速发展。绘画、书法、诗歌、哲学在这个时期都是发展很好的。接下来的章节我们会陆续展开。
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