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猜一猜这个人类肺部器官单细胞研究会发在CNS吗

猜一猜这个人类肺部器官单细胞研究会发在CNS吗

作者: 因地制宜的生信达人 | 来源:发表于2019-12-30 19:47 被阅读0次

最近在bioRxiv 预印本发现了一篇人类肺部器官单细胞研究,来自于斯坦福大学团队,发表在Aug. 27, 2019; doi: http://dx.doi.org/10.1101/742320 有约7万个单细胞数据,找到了58个细胞亚群,其中大部分是前人研究发现过的,但是有14个新亚群。

  • 前人研究是:(11 epithelial, 5 endothelial, 7 stromal, 20 immune, and 2 neuronal cell types) 这些信息在Table S1. Canonical cell types (45) in the human lung and their abundances, markers, and available expression data. 需要大量的背景知识和人力才能整理出来。
  • 作者的分类是:15 epithelial (clusters 1-15), 9 endothelial (16-24), 9 stromal (25-33), and 25 immune (34-58) populations

作者的亚群信息都在Table S2. Human lung cell cluster identities and their abundances in each dataset.分别是:

  • epithelial (club, ciliated, basal, goblet, mucous, serous,ionocyte, neuroendocrine, alveolar type 1, alveolar type 2),
  • endothelial (pulmonary artery, vein,capillary, lymphatic),
  • stromal (airway smooth muscle, vascular smooth muscle, fibroblast,myofibroblast, lipofibroblast, pericyte, mesothelium) compartments
  • 免疫细胞比较清晰

前人定义的23种经典细胞类型中的7个 (ciliated, basal, alveolar type 2, capillary, bronchial vessel, myofibroblast, and fibroblast), 都被发现其实还可以进一步分群。

当然,本研究也使用了前面提到的 两个小鼠器官单细胞图谱 , 里面介绍的2018年其实在nature和cell分布发表了小鼠器官单细胞图谱研究数据,表达矩阵都是可以直接下载的,浙江大学的研究有小白鼠近50种器官组织的40余万个细胞,斯坦福大学的研究从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞测序。

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