独立保函不适用我国担保法，保证担保适用担保法
依照我国《担保法》第二条第二款规定，担保主要有保证、抵押、质押、留置、定金五种方式。独立保函虽然具有担保债权实现的功能，但不属于我国担保法规定的法定担保方式，并且根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》第三条规定：“当事人主张独立保函适用担保法关于一般保证或连带保证规定的，人民法院不予支持”。故不适用我国担保法关于保证的规定。《担保法》第二章规定了保证的形式、保证人的认定、保证责任等内容，保证担保当然适用担保法。
独立保函具有独立性，保证担保具有从属性
保证担保具有从属性的，保证担保合同是主合同的从合同，并且保证人的责任是属于第二性的付款责任，只有当债务人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担赔偿责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。相较于保证担保，独立保函虽然是依据申请人与受益人订立的基础合同开立的，但一旦开立，则独立于基础合同。也就是说，独立保函与基础合同，两者均为独立的合同，各自独立具有法律效力，表现为平行的法律关系。一方面，独立保函的设立虽然以基础合同为基准，但自独立保函开设后，独立保函的法律效力不随基础合同的存在、变化、灭失；另一方面，保函独立于委托人和担保人之间的契约关系，担保人无权以委托人违反该合同为由拒付保函项下的索赔。
保证担保作为对基础合同的补充，在基础合同因当事人无行为能力、意思表示有瑕疵或内容不合法等情况而无效、被撤销时，保证担保将因基础合同有上述实质要件上的瑕疵和欠缺而无效，保证担保人无需在履行担保职责。
独立保函具有单据性，担保保证不具有单据性
保函作为担保机构保证付款的凭证，担保机构在保函业务项下处理的只是保函规定的单据。根据《见索即付保函统一规则》第11条的规定：“担保人和指示方对所提交任何文件的格式、充分性、准确性、真实性、伪造或法律效力或对文件中加注的一般及或特别声明、或其他任何人之善意或行为或过失均不负任何义务或责任”。只要受益人提供的单据与保函条款中规定的一致，即可认定保函所规定的付款条件已经具备，索赔有效，立刻付款。因此，有人将保函称为“担保信用证”。只有在形式要件欠缺，即受益人所提供的单据，其外观不符合保函的规定和出现欺诈的情况，则担保人才有权拒绝支付。
保证担保一经成立，保证人便对债权人负有特定的义务，此义务即保证债务，内容为确保债务人履行主债务。保证之责任乃作为担保主债务之从债务，当债务人不履行或不完全履行主债务时，债权人可要求强制保证人履行保证责任。因此，保证担保的实现有着前置程序，即当债务人不履行或不完全履行主债务时才能要求保证人承担保证责任，并且保证担保从属于主债权债务关系，主债权债务关系存在瑕疵，担保人可以拒绝履行担保责任。
适用主体不同，独立保函的开立人只能是金融机构
独立保函不可撤销，保证担保可以更改
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。
保证担保作为主债权债务的补充，可以经过债权人、债务人、保证人的协商，改变担保的内容、形式、期间。同时，根据《担保法解释》第30条和《担保法》第24条的规定，主合同内容的变更，未经保证人同意，会产生保证人仍按照原来的保证合同的约定承担保证责任，减轻保证人的保证责任，甚至免除保证人责任的情形。
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