wget -c https://github.com/bedops/bedops/releases/download/v2.4.39/bedops_linux_x86_64-v2.4.39.tar.bz2
tar jxvf bedops_linux_x86_64-v2.4.39.tar.bz2
export PATH=/home/liuliu/software/bedops/bin:$PATH
convert2bed --input=gff [--output=bed] < li.gff > li.bed
Error: Cannot find sort-bed binary required for sorting BED output
下载地址使用说明
https://bedops.readthedocs.io/en/latest/index.html[https:...
参考文章一参考文章二bedops我的批处理代码需要安装bedops，安装过程见官网或者使用conda
BEDOPS是转化文件为bed文件的神器，安装方法见官网我这边的HPC有点问题，得自己设置环境变量如下 1、gtf...
https://bedops.readthedocs.io/en/latest/content/overview....
bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 ...
1.脚本调用bedtools 按照bin进行统计重复序列密度，调用bedtools merge： bedtools...
bedops可以将gtf较为方便转化为bed文件，但是对在igv中展示基因结构不太适合采用如下python代码可以...
# 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA...
参考地址 鉴于某信经常抽风，屏蔽连接的尿性。所有资料，我都是自己粘过来。不然有时候，点回去只能是空链接。 数据格式...
本文标题：bedops | gff2bed
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/pgpuohtx.html
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