美文网首页生信
circos的perl 模块安装

circos的perl 模块安装

作者: MrLong_0220 | 来源:发表于2019-05-31 13:35 被阅读14次

圆形,总是给人一种包罗万象的感觉。的确,从视觉效果来说,圆形展示的信息肯定要比线型图多得多。

1.circos简介。

官网在这:http://circos.ca/

帮助文档链接:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/

建议大家参考他给出的例子 http://circos.ca/software/download/tutorials/

2.circos的安装,

因为circos是一个perl语言编写的程序。所以要使用circos必先安装perl。

https://www.perl.org/get.html

选择windows,下载,双击安装在C盘下面;安装好后,测试下,看是否正常安装,cmd进入命令行,键入Perl -v ,若有显示信息。

则表明安装正常。

如果想安装在服务器上的话,直接 conda install -c bioconda circos。

如果在window上,

下载安装最新的。把此压缩文件解压,放到我们想安装的地方,我的是在 E:/d/Circos-0.69-6,里面所对应的文件如下:

我这个文件夹是把circos-tutorials-0.67的文件也放进去了。

3.配置perl模块。

上面是所需的perl 模块。以第一个为例子。

其他的也是这个思路,有些文件的第五步可能不是dmake,自己可以看看readme文档。

4.运行circos提供的实例。

1、进入example目录:因为我装在E盘。这里要注意路径。

2.调试第一个例子;

perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

后续没有报错就是安装正确。调试的第二个例子也是一样。

3.实操(留给下一节)

相关文章

  • circos使用时缺少perl模块的安装办法

    circos -modules 查看哪些模块还未安装image.png which perl 查看perl安装在什...

  • Windows安装Circos

    主要就是Circos所需perl模块的安装 windows环境推荐Strawberry Perl)), 下载安装即...

  • Circos 图绘制

    circos 图绘制基因组信息有优势,在很多文章出现。circos 使用Perl写的,要安装一些必要的perl模块...

  • circos的perl 模块安装

    圆形,总是给人一种包罗万象的感觉。的确,从视觉效果来说,圆形展示的信息肯定要比线型图多得多。 1.circos简介...

  • Circos简易安装与使用

    Circos是使用Perl写的程序,主要通过输入配置文件来作图。 安装 安装好后,检查依赖的模块是否安装好 若安装...

  • circos安装(2018-07-12)

    官网地址:http://circos.ca/guide/1下载 2 配置perl模块 2.安装所需要的模块 这两个...

  • 解决一个问题----cpan配置(proxy,mirror)

    在安装perl模块时候,你可能会用到miniconda中的cpan来快速安装perl模块(手工装perl模块太痛苦...

  • perl 模块安装与使用

    查看perl 版本 查看perl模块搜索路径 查看某个perl模块是否存在 模块安装方法1 —— 命令行形式安装S...

  • windows 安装circos

    一、下载安装软件包 1.strawberry perl 因为Circos软件是依赖perl语言编译环境的,但是wi...

  • ubuntu安装perl module

    ref:Ubuntu安装perl模块步骤-linux-51CTO博客 Ubuntu安装perl模块步骤: 按装cp...

网友评论

    本文标题:circos的perl 模块安装

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/pjywaqtx.html