LncRNA与蛋白RNP结合预测

长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）在表观遗传、转录和转录后水平上调控基因表达中起着重要作用，能够通过多种机制，包括遗传印记、染色质重塑、剪切调控、mRNA降解和翻译调控确定lncRNAs的功能，探索lncRNAs的主要工具包括微阵列、RNA测序（RNA-seq）、Northern blotting、实时定量逆转录聚合酶链式反应（qRT-PCR），荧光原位杂交（FISH）、RNA干扰（RNAi）、RNA-结合蛋白质免疫沉淀（RIP）、通过RNA纯化进行染色质分离（ChIRP）、交联免疫沉淀（CLIP）和生物信息学预测等方法，LncRNA可与蛋白互作结合，调控基因的表达、转录、修饰等生物学过程

以下是我们对数据的整理，通过数据库查询分类、数据库功能及用途、示例结合分析、数据库优化等这四大项，进行阐述和演示数据库的查询和使用，希望对您的实验项目有所帮助

数据库查询分类

RPISeq ：http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/

数据库功能及用途：

RPISeq

数据库功能：

Submit a protein sequence and an RNA sequence to predict the interaction probability.

实例分析：以蛋白AGO2和LncRNA H19为例

Interaction probabilities

Prediction using RF classifier      0.55

Prediction using SVM classifier     0.54

两者数值均>0.5,表示预测会相互结合

数据库优化：

该网站可预测已知的蛋白和已知的RNA序列，通过RF值和SVM值，来评估RNA与蛋白的结合概率