gtf和gff转换的方法

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2019-05-20 20:53 被阅读0次

gffread my.gff3 -T -o my.gtf
gffread my.gtf -o- >my.gff3

但是这个有个局限性就是只能转换mRNA的gff文件，因为它识别的特征是exon，gene_id

library(rtracklayer)
test <- import("test_gff3")
export(test,"test.gtf","gtf")

gff和gtf之间转换
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