PGDspider的使用

1、该软件的使用需要在java环境内，下载java并安装

https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-x64_bin.exe
出现问题：打不开java包出现闪退
解决方法：java环境搭建

image.png

具体操作见Java环境搭建：JDK环境变量配置(win7和win10下的操作) (zhihu.com)
Java基础入门_写出人生中第一个Java小程序（HelloWord） (zhihu.com)

2、下载PDGspider软件

http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/PGDSpider_2.1.1.5.zip
具体操作见PGDSpider version 2.1.1.5 (unibe.ch)

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下载安装完成

windows开始界面搜索cmd并打开

C:\Users\LILUL>d:       #进入d盘
D:\>cd PGDSpider_2.1.1.5
D:\PGDSpider_2.1.1.5>java -Xmx1024m -Xms512M -jar PGDSpider2.jar   #Increase memory

3、win10下载samtools和bcftools(版本为1.12）

如果要转换vcf文件则必须下载这两个软件

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samtools是ngs分析流程中常用的工具，其主要依赖于zlib，gcc，g++ 和clang，所以直接在windows运用不太可能。这里用Cygwin来进行安装。
下载Cygwin具体见windows下安装Cygwin详细教程_快乐小胡！的博客-CSDN博客_cygwin
必须的组件：binutils, gcc-core, gdb, mingwin64-i686-gcc-core, make， gcc-g++， gcc-core，make， perl，zlib，libbz-devel， liblzma-devel，autoconf等，如果缺少某个组件，可以返回安装包重新安装某个组件，同时它也能更新组件的版本，之前的组件也不会被卸载。
下载Cygwin完并且安装samtools和bcftools所需的组件也下完后，打开Cygwin，进行两个软件的安装
具体见samtools能在windows运行吗？_Nuvolar的博客-CSDN博客_samtools windows版本

LILUL@DESKTOP-2DV5A2K ~
$ cd D:
LILUL@DESKTOP-2DV5A2K /cygdrive/d
$ cd samtools-1.12/
LILUL@DESKTOP-2DV5A2K /cygdrive/d/samtools-1.12
$ ./configure
$ make
$ make install
#安装samtools完成（目录有exe文件）
LILUL@DESKTOP-2DV5A2K ~
$ cd D:
LILUL@DESKTOP-2DV5A2K /cygdrive/d
$ cd bcftools-1.12/
LILUL@DESKTOP-2DV5A2K /cygdrive/d/bcftools-1.12
$ ./configure
$ make
$ make install
#安装bcftools完成（目录有exe文件）

在PGD的Config中添加这两个软件的路径

image.png

4、格式转换

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文件路径千万不要有中文，SPIDfile文件大部分按照默认来的，这部分还是要看软件使用说明。

image.png
image.png

添加了一个分组文件txt格式

image.png
image.png

格式转换完成后会生成一个arp文件

image.png

至此完成vcf格式的转换，其它格式的转换还需要看具体说明