如何从NCBI中获得16S rRNA序列

作者: scdzzdw | 来源:发表于2020-05-26 22:29 被阅读0次

如何从NCBI中获得16S rRNA序列
bowtie-bowtie2去核糖体RNA
三代全长16s助攻，轻松搞定水体研究领域10+文章
细菌的功能基因如何上传NCBI获取GenBank号？
用bowtie2去除fastq文件中的rRNA
全长16S：细菌的“第二代身份证”
16S rRNA基因测序--微生物多样性分析
如何查看扩增子测序是测得16s基因的哪段？
m6A图文复现04-rRNA比对结果与Hisat2比对
如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？

NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以进行下载：
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db

image.png
解压后是已经建好索引的文件：

image.png
并没有核苷酸文件，可以通过以下命令将全部16S的序列取出来：

blastdbcmd -db ./16S_ribosomal_RNA -dbtype nucl -entry all -outfmt "%f" -out 16S_ribosomal.fa

序列保存在16S_ribosomal.fa文件中了，打开就是核苷酸序列了

image.png

如何从NCBI中获得16S rRNA序列
NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.n...
bowtie-bowtie2去核糖体RNA
一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引打开NCBI,select “Taxonomy” an...
三代全长16s助攻，轻松搞定水体研究领域10+文章
基于PacBio三代测序平台，可高效获得16s rRNA全长序列，同时不必纠结引物选择带来的结果偏差，令物种分类更...
细菌的功能基因如何上传NCBI获取GenBank号？
此前，我们已将讲解过如何将测序得到并拼接好的细菌16S rDNA序列上传至NCBI获取GenBank号： 16S序...
用bowtie2去除fastq文件中的rRNA
一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.参考：https://ucdavis-bioinf...
全长16S：细菌的“第二代身份证”
16S rRNA基因一直被作为微生物群落中细菌“身份”的分子标记。通过对16S rRNA基因特定区域进行扩增和测序...
16S rRNA基因测序--微生物多样性分析
什么是16S rRNA？16S rRNA是原核生物的核糖体中30S亚基的组成部分，长度约为1542nt，具有高度的...
如何查看扩增子测序是测得16s基因的哪段？
将测得的任一条代表序列在NCBI Blast后，点击Graphics，该序列共长445 nt，比对到了16s基因...
m6A图文复现04-rRNA比对结果与Hisat2比对
在上一期中我们得到了cleandata后，先使用bowtie2与NCBI的rRNA的序列进行比对，进行了去除rRN...
如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？
假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列，如何实施？找序列第一步，肯定是找到相关序列。我从ncbi t...