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课后补充---单细胞空间联合分析之MIA

课后补充---单细胞空间联合分析之MIA

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2025-07-09 09:18 被阅读0次

作者,Evil Genius

这一篇我们来补充一下MIA的内容,其实现在文章要求很高了,一般都要求单细胞空间配对测序,所以用不到MIA,但是很多客户之前只测了空间组学,注释的时候,尤其分析niche的时候就需要借助公共数据的力量,这个时候MIA就派上了用场。

关于MIA的原理,来复习一下

MIA(多模态交叉分析)是一种整合单细胞转录组和空间转录组数据的方法,通过计算单细胞定义的细胞类型与空间spot基因表达谱的相似性(如相关系数或概率模型),将细胞类型映射到空间位置中,从而揭示细胞类型的空间分布规律。其核心步骤包括数据对齐、特征提取、多模态交叉分析(相似性计算与概率映射)以及联合可视化。

目前引用MIA的文章,我列举给大家,大家要看其中的核心。

第一篇



其中关于MIA的方法介绍

第二篇


大家注意看其中的分析细节,文中采用的单细胞数据来源于公共数据。

第三篇



当然了,MIA也写了很多的文章,大家可以参考

课前准备---单细胞空间联合分析之MIA(R封装版)
空转第7课MIA的内容补充
MIA脚本封装版
单细胞空间MIA分析思路及代码分享

还有之前的教学视频

2024第10课:单细胞空间联合分析之MIA
空转第七课单细胞空间联合分析MIA

当然了,之前都是R版本实现MIA分析,今天我们用python来实现,实现如下的目标

全系列python脚本,输入基础分析好的单细胞+ 空间的h5ad文件,以及指定top基因数。

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