Capture Hi-C和 Promoter Capture H

Capture Hi-C

Mapping long-range promoter contacts in human cells with high-resolution capture Hi-C | Nature Genetics
CHiCAGO: robust detection of DNA looping interactions in Capture Hi-C data | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com)
Capture Hi-C技术是在Hi-C文库的基础上增加了一个特定探针捕获的过程。其原理是针对目标区域，设计探针，然后再利用探针从常规Hi-C文库中捕获目的片段进行测序，该技术的好处是能解析特定区域的远程互作。

Capture Hi-C建库流程基于常规Hi-C，仅在获得的Hi-C文库基础上增加一步目标片段捕获的过程，简要实验流程即是先按照所要研究的目标区域设计捕获探针，可以是某一固定区域，比如所感兴趣的基因区域，或者是某一系列区域，比如启动子区。探针设计好之后即可进行液相捕获，封闭Hi-C文库两端接头序列，避免接头序列产生错误捕获，然后利用捕获探针结合封闭好的Hi-C文库，使用链霉亲和素磁珠吸附捕获探针结合的Hi-C文库，再将未结合的Hi-C文库清洗掉，最后经PCR扩增即可获得可用于上机测序的Capture Hi-C文库。

image.png The-outline-of-Capture-Hi-C-a-Outline-of-the-CHi-C-protocol-A-Hi-C-library-is.png

由于是针对特定区域的互作进行捕获，随着测序深度的增加，该区域的数据信息会大大增加，可以使原本微弱的互作信息得到足够放大，因此可对某一特定区域的互作进行更深入的分析。

Promoter Capture Hi-C

Promoter capture Hi-C-based identification of recurrent noncoding mutations in colorectal cancer | Nature Genetics
Promoter Capture Hi-C 是基于常规Hi-C文库基础上增加一步 Promoter 区域的捕获，由于是针对 promoter 区域的互作进行捕获，随着测序深度的增加，该区域的数据信息会大大增加，可以使原本微弱的互作信息足够放大，因此可对promoter 区域的互作进行更深入的分析，所需的数据量为60-100G。

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