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• Juicebox 总体介绍
• 使用介绍
• 参考链接

Juicebox 总体介绍

Juicebox

功能

• 可视化Juicer和juicer tools的结果
• 实时对可视化的Hi-C图谱更改分辨率
• 可以比较不同的Hi-C图谱及基因, loop, domain等

下载安装

• Download
• Windows, Mac, Unix都有对应的客户端

使用介绍

界面

界面

• 1: 为主菜单, 用于打开输出辅助组装
• 2: 操作菜单, 选择染色体, 标准化, 分辨率, 颜色强度
• 3: 热图, 可以放大, 拖拽
• 4: 小地图
• 5: 鼠标在热图上的位置等信息

Loading Maps

• 可以打开软件自带的很多互作数据, 可以多选
• 可以打开本地的互作数据
• 可以打开有URL链接的互作数据
• 可以通过Load a control map来比较相同参考基因组的互作数据
• Dataset Metrics为热图的各种统计数据及图表
• Export data用于输出热图中的数据, 用起来有些鸡肋, 还是用命令行dump吧

Load Annotations

• 可以提交chip-seq的数据
• 可以提交TAD和loop calling的数据
• 可以通过shift键在map上标记特定的区域
• 注释的各种结构可以选中调整大小

Exploring the Data

• Goto Box使用: chr:x1-x2:[BP Resolution] chr:y1-y2:[BP Resolution]
• 通过open control提交比较热图, 前提必须是相同基因组
• 两热图比较时, show button下会多出来很多比较选项
• 可以开启两个窗口同步显示, 在热图中右键选择Continuous Sync即可
• 右键中的Freeze Hover Text可以冻结右侧窗口中的注释信息
• 标准化选项中可以选择几种不同的标准化算法, 软件推荐Balanced显示的标准化算法(即KR标准化,参考文献是链接中的文章)

Bookmarks

• 可以保存当前分辨率窗口中的数据, 加载之前保存过的指定分辨率下的数据
• save state指保存当前热图的矩阵类型, 位点, 标准化, 导入的位点峰图信息等, 这些信息也可重新被导入

Juicebox Assembly Tools

• 很庞大的一个工具, 需结合其他流程使用, Genome Assembly Cookbook
• 需要提交.hic和通过3D-DNA流程获得的.assembly文件
• 看wiki的意思, 有种手动调整的意思

Submapping

• 提交2D的TAD结构文件, 软件可以将各个结构挑选出来合并显示

参考链接

• Durand N , Robinson J , Shamim M , et al. Juicebox Provides a Visualization System for Hi-C Contact Maps with Unlimited Zoom[J]. Cell Systems, 2016, 3(1):99-101.DOI:https://doi.org/10.1016/j.cels.2015.07.012
• Juicebox-wiki
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