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根据assembly ID 批量下载数据

根据assembly ID 批量下载数据

作者: 严慧聪要学英语 | 来源:发表于2024-12-08 15:59 被阅读0次

安装ncbi-datasets-cli
用bioconda安装
conda install -c bioconda ncbi-datasets-cli
安装unzip
conda install -c bioconda unzip
把assembly id 放在 accsession.txt文件中
用datasets download genome accession --inputfile accession.txt --dehydrated --filename test.zip
把下载文件放入到test.zip这个压缩文件 #一共有5563个基因组
解压缩到 my_test
unzip test.zip -d my_test
从my_test 下载数据
datasets rehydrate --directory my_test/

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