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【点】理解基因芯片

【点】理解基因芯片

作者: JamesMori | 来源:发表于2021-08-05 23:29 被阅读0次

有很多芯片但是基本原理都类似,具体有哪些种类可以去查一下维基百科(关键词:microarray)

1、基因芯片基本结构

基因芯片

芯片由probe set为基本单位,多个probe set对应一个基因(在exon的分析中,可能是一对一),一个probe set由mismatch和perfect match两个池子组成,每个池子里有大量的相同序列的probes。
probe在设计时应该是特异性针对一个基因的25 base序列,但还是防止有同源序列,所以适用probe set来对应一个基因。
mismatch池子是perfect match池子的probe序列改错一个碱基,用来作为backgroud,校正正确序列匹配到错误序列的情况(错配)。

2、基本工作原理

匹配序列
不匹配序列

给准备好的分子库加上荧光基团,以流动相接触芯片,匹配正确序列后,荧光基团被激活,完全匹配荧光最强,匹配的probes越多荧光越强。然后洗掉分子库,测光度。
双通道(two channel)就是给两个不同处理的分子库分别加上红、绿两种荧光基团,最终一个点就有两个光度数据。
单通道(one channel)就是一个分子库、一种光、一个点(spot)一个数据(intensity)。

3、最终结果

最终结果

类似这个样子

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