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351:深入理解define各个部分

351:深入理解define各个部分

作者: 林芷文的日常碎碎念 | 来源:发表于2024-09-11 21:47 被阅读0次

define.xml大家可以理解为你递交给监管机构的一份说明书,说明你递交的临床数据来自哪里,比如是来自CRF,或者自己衍生,或者自己赋值的。要不然你直接把一份SDTM数据递交给监管机构,他根本不知道你的这些数据是什么,而且还要面对那么多公司的递交申请。所以有了这份文件,方便审阅人员review,提高审阅效率。

现在define的版本已经升级到2.1,以前是2.0,课程里的SPEC模板就是按照2.0的样式生成的,大家可以认为我们用的SPEC文件就是define的一部分,但不是全部,所以在生成define文件的时候,一般会用到SPEC文件,获取变量那些属性信息,这个可能就涉及到文件之间的拼接等等。

生成define的时候,会用到两个SPEC,一个是我们编写SDTM程序用到的mapping spec;另一个就是生成define.xml的define spec(这个后面会详细介绍)。大多数公司应该还是用P21生成define,当然也可以直接通过SAS程序生成define.xml或者其他方式。

先来看下2.0和2.1的区别,变化还是很大的,只截一部分,具体的文件内容大家可以去看有道云1.7 define部分:《Define_v2_1_4_from CDISC》和《define_xml_2_0_releasepackage20140424》,这都是从官网上下载的,《SDTM-MSG_v2.0_Sample_Submission_Package》列举的domain更多,如果大家在写2.1的define有任何问题,可以参考一下MSG举的例子怎么处理的,2.0和2.1用的数据应该都是sdtm-adam-pilot-project。

2.0 2.1

2.1 最前面多了一些项目的介绍,然后用到的标准有哪些;2.0是直接从domain开始。

看到左边有“Annotated CRF”;"Reviewers Guide",直接点击就能跳到对应的文件上,这就是为什么aCRF和cSDRG,define.xml要放在一起,只有在同一个文件夹里,才能成功跳转到对应文件。

2.0 2.1

对于具体的domain,2.1多了这个VLM(value level metadata),然后Origin / Source / Method / Comment合并在一起,Origin如果是来自CRF收集的数据,在2.0是直接写成CRF,但是在2.1变成了collected,然后多了一个source。至于origin有哪些,source怎么分配,参考《Define-XML v2.1》

打X的就是说TYPE(origin)和source的交叉是无效的,比如当你的origin是Collected的,你的Source就不能填“Sponsor”了

这篇文章的重点不是讲2.0和2.1的区别,而是要让你们知道怎么生成define以及生成define的数据来自哪里。下面我们也用sdtm-adam-pilot-project的数据生成一份define看看

可以参考的文件有3个,一个是CDISC官网上define模块有一个压缩包,下载下来之后有一个defineV21-SDTM.xml文件

还有一个是MSG里面的例子,M5文件夹里也有一个define文件,这个define.xml列举出的domain更多更详细

以及类似IG的说明文件《Define-XML v2.1》

这个到时候我会把文件都发给你们,下面是生成defien的具体操作

注意,全文5000多字,但是文章不包括完整的程序生成define.xml,只教你define.xml各个部分是怎么在define spec实现的,我觉得会让你对define有一个全新的认知,如果你还不了解的话,所以谨慎购买。然后苹果用户真的亏,比如我卖20,但是苹果用户需要支付25左右,可惜。

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