期刊：Nature
IF：50.5
发表时间：2024 Oct 30
文章简介：
本研究通过空间转录组学和单细胞测序等技术，剖析了6种癌症的肿瘤切片，并鉴定了其中的肿瘤微区及其中存在的不同基因克隆事件，揭示了微区中免疫-肿瘤和基质-肿瘤之间的相互作用差异。此外，利用多组学数据对肿瘤结构进行三维重建，揭示了三维空间内不同切片中亚克隆和微区之间的连续性。
样本策略：
6种癌症的131例Visium空间转录组测序样本以及与之匹配的48例单核转录组测序样本、22例CODEX样本、2例Xenium样本。
应用技术：
10x Genomics Visium，10x Genomics 3’ RNA-seq，10x Genomics Xenium，CODEX等。
研究亮点：
(1) 定义了肿瘤微区和空间亚克隆，揭示了它们在不同癌症类型中的大小和密度差异。
(2) 通过3D重建和深度学习算法，识别了免疫反应活跃的热点区域和相对不活跃的区域，以及围绕3D亚克隆的免疫耗竭标志物。
(3) 发现了肿瘤核心和边缘区域的细胞途径差异，以及克隆特异性的肿瘤-微环境相互作用。
研究意义：
这项研究有助于更深入地了解六种不同实体瘤类型的克隆演化和微区差异，为继续深入了解癌症的耐药机制铺平了道路。
文献原文（DOI）：https://doi.org/10.1038/s41586-024-08087-4
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