人类唤醒了霸王龙的天敌，三头龙，在核能的补充之中，三头龙苏醒。在它苏醒的一瞬间，霸王龙便气势汹汹的像它前进。
人类只想想着两败俱伤，但是没想到人类的不团结。有的国家不相信两只怪兽是被核能唤醒的，在两只怪兽都受伤的时候，一个国家为了展示自己的实力，向两只怪兽投了核弹，于是，两只怪兽再次回到巅峰状态，这次，霸王龙再次打败了三头龙，只是自己也重伤。
三头龙在霸王龙养伤的时候，去往世界各地唤醒怪兽，打败它们收为己用。而霸王龙由于能量耗尽，再次回到海底沉睡，只有吸收到足够的核能会再次苏醒。
人类在紧急的研究中，终于发现了怪兽的族群，或者说阵营。三头龙几乎称霸地球，人类最后的基地没有核能，不被三头龙惦记，所以存活了下来。
人类终于知道自己犯下的错误，但是，现在只能靠霸王龙，所以人类准备再次唤醒霸王龙，同时唤醒霸王龙阵营的其他怪兽。复活蝶和巨骨龙被唤醒，它们醒来后便找到了霸王龙，但是他们无法唤醒霸王龙，于是人类把最后私藏的核能给了霸王龙。
霸王龙再次苏醒，三头龙受到了威胁，带着自己阵营的怪兽在火山岛向霸王龙宣战。霸王龙带着自己阵营的巨兽们，再次迎战，但是这次，不仅是为了自己的霸主地位，也是为了人类。
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