SRA数据转换为fq格式

作者: 南栀ioo | 来源:发表于2018-08-08 22:00 被阅读0次

SRA数据转换为fq格式
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1.软件下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

根据自己的系统选择下载，这里讲解Ubuntu系统的安装使用，下载的安装包为：sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz。

2.解压：$ tar –xzvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz

3.运行：到解压之后的bin目录下：

$ ./fastq-dump --split-3 /home/manager/RNAseq/data/SRR3134001.sra --gzip -O /home/manager/RNAseq/data

过程较慢，请耐心等待，也可通过top命令查看运行进程。

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