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计算可定量的PTM位点(三中有两个有数值,即为可定量)

计算可定量的PTM位点(三中有两个有数值,即为可定量)

作者: 余绕 | 来源:发表于2022-02-04 14:49 被阅读0次
open FA,"$ARGV[0]";

open OU,">$ARGV[1]";
#%hash=();
while(<FA>){
chomp;
$n=0;
my($id,$num1,$num2,$num3)=split/\t/,$_;
#print "$num1\n";
$id=~s/ *//g;
@array=($num1,$num2,$num3);

foreach(@array){
if($_> 0)
{ 
$n+=1;
}

}
#print "$_\t$n\n";

#print"$n\n";
if ($n>=2){
print "$id\n";
$hash1{$id}=1;
#$hash{$id}=1;
#print"$id\n";
print OU "$id\t@array\n";
}

}

foreach(keys %hash1){
print "$_\t$hash1{$_} \n";
$m+=1;
}

print "$m\n";

Input data

Protein accession   CK_1    CK_2    CK_3
Q10MK5              0.997   0.826   0.963
Q10MK5              0.899   0.933   0.828
A0A0N7KC82          0.82    0.898
A0A0P0UZQ9          0.956   0.918   0.985
A0A0N7KCM0          0.847   0.8     0.879
A0A0N7KCM4                  0.993   0.961   
A0A0N7KD48          0.859       

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