一、来自百度百科
亚细胞定位
亚细胞定位是查找生物大分子在细胞内的具体存在的位置，如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。常见的亚细胞定位方法有生物信息学预测法、免疫荧光法、GFP融合蛋白表达法。
生物信息学预测法
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不同的细胞器往往具有不同的理化环境，它根据蛋白质的结构及表面理化特征，选择性容纳蛋白。
蛋白质表面直接暴露于细胞器环境中，它由序列折叠过程决定，而后者取决于氨基酸组成。因此可以通过氨基酸组成进行亚细胞定位的生物信息学预测。
免疫荧光法
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直接法
将标记的特异性荧光抗体，直接加在抗原标本上，经一定的温度和时间的染色，用水洗去未参加反应的多余荧光抗体，室温下干燥后封片、镜检。
间接法
如检查未知抗原，先用已知未标记的特异抗体（第一抗体）与抗原标本进行反应，用水洗去未反应的抗体，再用标记的抗抗体（第二抗体）与抗原标本反应，使之形成抗体—抗原—抗体复合物，再用水洗去未反应的标记抗体，干燥、封片后镜检。如果检查未知抗体，则表明抗原标本是已知的，待检血清为第一抗体，其它步骤的抗原检查相同。
GFP融合蛋白表达法
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GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
应用实例
基因枪法转化洋葱表皮细胞：
分别用70%乙醇和灭菌蒸馏水清洗金粉（直径为1 μm），加入灭菌蒸馏水制成金粉悬浮液，取100 μL 放在含有1.0 cm2 洋葱表皮的玻璃皿中，边振荡边加入10 μL pCambia2301-GaMYB2-GFP质粒，逐步加入40 μL 0.1 mol·L-1 亚精胺和100 μL2.5 mol·L-1 CaCl2，振荡混匀。基因枪GDS-80轰击时氦气罐的气压为1 300 psi，取10 μL DNA 包裹好的微粒悬浮液加到基因枪中央，进行轰击，之后放置25℃避光过夜培养，使用ConfocalLaser激光共聚焦显微镜观察。
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GaMYB2 在洋葱表皮细胞中的瞬时表达分析：采用基因枪轰击的方法，用包裹质粒的金粉对洋葱表皮进行轰击，暗培养过夜后，在激光共聚焦显微镜下进行观察，从图A 中可以看出对照GFP空载体在整个洋葱细胞均能看到绿色荧光，为组成型表达；从图B 中发现GaMYB2-GFP 的融合表达载体只能在细胞核中能看到绿色荧光，这进一步证明该蛋白不具有跨膜蛋白结构，定位在细胞核中，具有转录因子的一般特征。 [1]
（1）杨召恩,杨作仁,刘坤,刘传亮,张朝军,李付广. 一个亚洲棉MYB家族新基因的克隆及特征分析[J]. 中国农业科学,2013,01:195-204.
二、
蛋白在原生质体中合成，而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析，蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息，亚细胞定位在细胞分子生物学，蛋白质组学，系统生物学，药物开发，药物化学等领域研究中具有十分重要的作用。
蛋白分布在细胞中的各个位置，其中蛋白丰度高，种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核，原生质体，线粒体，内质网等，植物还有叶绿体和液泡。而对于定位在细胞膜，分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说，其亚细胞定位预测信息一般准确性较低。
蛋白亚细胞定位主要有两种方法，第一种是结果准确但费时费力的实验验证方法，如荧光蛋白标记与Western/SDS-PAGE等；第二种方法是通过生物信息学手段，借助计算机对蛋白的亚细胞定位信息进行预测，这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息，而我们今天介绍的是便是第二种方法。目前常用的亚细胞定位分析软件主要采用三种分析策略：N端排序或信号分子序列分析；氨基酸序列组成分析；结合多种策略（N端信号序列，氨基酸序列组成，功能域，相似度，GO分类）的分析。
常用分析软件
今天向大家推荐六款亚细胞定位注释的常用分析软件，并以WoLF PSORT为例介绍其网页操作步骤。
六种常用亚细胞定位注释分析网站：
Ilco：http://www.jci-bioinfo.cn
**Cell-PLoc： **http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/
CELLO ：http://cello.life.nctu.edu.tw/
WoLF PSORT：https://www.genscript.com/wolf-psort.html
SherLoc2：http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/SherLoc2
Predotar：http://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html
WoLF PSORT蛋白亚细胞定位教程如下：
- 输入WoLF PSORT的网址：
https://wolfpsort.hgc.jp/ 见下图：
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2. 选择蛋白序列的种类：动物、植物或真菌；然后输入蛋白序列或文件（注：序列或文件大小不能超200Kb，如果序列很多，可分批进行）。检索结果见下图：
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以上结果中该如何解读呢？我们只需看“details”后面紧接着的那个亚细胞就可以了，如第一条蛋白test，应该是定位在nucl（细胞核）上。具体的亚细胞缩写参照下图。
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参考文献：
Xiong, E., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10.
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