蛋白质分子三维结构展示 (1)

1. 根据PDB ID在PDB数据库下载pdb文件

PDB官网：http://www.rcsb.org/

这里的1OGA就是PDB ID

2. 打开Swiss-PdbViewer，导入pdb文件

Swiss-PdbViewer软件下载：https://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html

打开软件之后，在菜单栏选择：File--Open PDB File，导入文件；
然后在菜单栏选择：Wind--Control Panel，打开控制面板。

3. 控制面板的介绍

从左到右依次表示：分组信息、显示氨基酸、侧链、氨基酸名称、原子团、高级结构、氨基酸颜色；
在空白处点击鼠标右键是全选/全取消，左键是选择/取消单个氨基酸；
一个氨基酸可以具有不同的分组，上面的图片group这一列其实有3小列，A组、s组、自成一组。点击左键表示选中，此时同组的氨基酸都标红，按住Ctrl再点击表示多选，之后点击上方的+/-可以实现有针对性的显示。

4. 显示二级结构

全选中控制面板的ribn列，其他列全取消；
选择菜单栏color--第一行选择act on ribbon--继续选择菜单栏color--选择secondary structure succession，效果图如下：

这张图片展示的是MHC 1型分子呈递抗原，并被TCR识别的空间构型。有时候，可能只想展示一部分，比如我只想展示MHC呈递抗原这一部分，可以先在控制面板上取消所有的ribn显示，（多）选对应的分组，这里是A,B,C组，之后点击ribn上方的+号即可。

最右边的灰色线条就是抗原peptide.

5. 局部调整颜色

抗原部分（C组）可以在控制面板中将氨基酸显示出来，并调整氨基酸颜色。在这一步之前，需要将菜单栏color--第一行改为act on backbone + sidechains；菜单栏Display--render in solid 3D.