--杀杀
喜欢用R写代码的同学应该天天在用各种R包，大家多少好奇过R包是怎么创建的，怎样能把一些自己设计的功能封装到R包里，方便以后使用~
这篇简书想分享一下如何创建一个最基础的R包，这只需要很短的时间就可以完成，但是更加高阶的功能或者功能复杂的R包就需要以后进一步研究啦！
首先你需要确定你的R包要实现什么功能，并先把这个功能写成一个函数。我今天举例的这个R包是根据我的一个小需求：我需要把一个比较大的矩阵按列拆分开来，并且给每一列都加上原矩阵的行名，然后批量写出成文件，文件名对应原矩阵的列名。原矩阵有几列，最后就会被拆分成几份文件。功能很简单，主要是借此学习如何创建R包。
首先我把我的需求写成函数：
writefiles <- function(matrix_w,type)
{
file_list <- colnames(matrix_w)
files <- paste(file_list,".",type,sep="")
for (i in 1:(dim(matrix_w)[2]))
{
temp <- cbind(as.matrix(rownames(matrix_w)),as.matrix(matrix_w[,i]))
if(type == "txt")
{write.table(temp,file=files[i],col.names = F,row.names = F,quote = F,sep = "\t")}
if(type == "csv")
{write.table(temp,file=files[i],col.names = F,row.names = F,quote = F,sep = ",")}
}
}
至少要确定你的函数是没有语法错误的
接下来就开始准备R包
首先需要安装Rtools
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
给你的包取名字，然后创建好存放你的R包的文件夹，并填写
可以勾选use renv with this project，会创建更多可能用的文件，比如说上传github需要的文件，点击create project
R会在你规定的路径下创建这些文件，但我们只需要使用其中的一部分
接下来加载俩包
library(devtools)
library(roxygen2)
附上装包代码嘻嘻
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("devtools")
接下来进行编辑
需要修改的就是package名字，title，author，description，其他我都没有修改，改完点保存就kk接下来，就需要创建你的R包里最重要的函数了
同样在RStudio的右下角里双击进入R文件夹，里面已经有一个hello.R文件，不用管它，我们可以file - new file - R script来新建一个.R文件，然后把你的函数代码粘贴进去，保存，关闭
还没结束，我们需要对我们的代码写一些注释信息，在RStudio中使用Ctrl+Shift+Alt+R的快捷键（光标放在你刚刚创建的.R文件上），会自动帮你在原文件中生成一些注释信息
可以看到，第一行修改为你的函数名字，第二行是描述，@param后面是你的function中涉及到的参数，你需要对这些参数做一些描述或解释，接下来就是一个example，这个example必须是可以使用你的内置函数运行成功的。因为后面在check的时候，系统是会运行你的example的，如果不成会报错。
接下来运行代码，记住每次更新了你的.R文件后，都要运行这个代码更新.Rd文件
devtools::document()
让R在man文件夹中自动生成对应的.Rd文件
接下来执行检查
check()
warning和notes都问题不大，主要看有没有errors，一般问题都出在函数的bug上，跟着系统的提示修改bug就可以了。我在创建包时报了一个错，说我包中涉及到的write.table函数是需要依赖的，我根据系统的提示，在NAMESPACE文件夹中加了一句
就没有再报错了。查完bug，没有error的话，点击Build - Build source package，R会自动帮你生成这个包，并加载这个包，你就可以用自己的数据考察一下自己的包好不好用啦。同时，你的文件夹下也会生成一个tar.gz的压缩包文件，这就跟平时我们从网上下载的R包是一样的。
如果之前你写.R文件写的没问题的话，使用 ?你的函数名 就可以调出帮助文档，就像平时我们使用别的R包有疑惑时一样。
参考：
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/546/
https://blog.csdn.net/nixiang_888/article/details/114299150
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