1. SRA数据库: Sequence Read Archive

隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。

2. ENA数据库：European Nucleotide Archive

隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，功能同SRA，并且对数据做了注释，界面更友好，当然对于我们来说，最诱人的当属可直接下载fastq (.gz)文件这一项了。（NCBI的SRA中就不能下载到fq文件，至少目前我还没发现，也不知今后是否会添加此功能。当然，.sra文件转fq也是很简单的，这里不说）

更多信息、方法，网站上搜一搜，颇多。此处，我也是查找和整理，方便我自己。
https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78890567

3. ascp的安装和使用介绍

【ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常友好的，谁用谁知道！国外著名数据库NCBI(GEO/sra)在用，国内也有数据库在用，一个字：香！】
首先，我也给你们贴一个aspera下载的链接：Aspera - Connect | IBM
实际上，有可能是网址变动或者ip等的问题，这个链接会打不开，不要紧，自己去查，不要搜aspera，应该搜aspera connect，搜过就懂！！！

Microsoft Edge浏览器安装下载

按步骤即可完成下载！(傻瓜式安装，waiting...)

因为是傻瓜安装，那这个软件会藏在哪儿呢，熟悉的人呢，可能会去C盘找找，去local目录翻一下就找到了。如果不熟悉，请下载神器everything查找一下：

接下来，添加到系统环境或者直接根目录运行。

4. ascp常用/重要参数

【先给出一个我在win10下用过的一个下载数据的命令】
ascp.exe -i 'C:\Users\MyComputer\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh' -k 1 -QT -l200m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz ./
其中：
-i 提供私钥文件的地址
-k 断点续传，一般设置为值1（win10下似乎无用，mac和linux上确实能实现续传，其他值还有1,2,3，我都试过，还是不知道有啥区别）
-l 设置最大传输速度（可连写l200m可分开l 200m）
-QT 一般同时使用，我也不知道干嘛的，help里面说的（T:禁用加密，Q:不知道）
-P（port，端口）一般就是33001
# PS：注意powershell中运行以上命令完全没有问题，如果是CMD打开的terminal中，则需要把单引号替换成双引号才行：
ascp.exe -i “C:\Users\MyComputer\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh” -k 1 -QT -l200m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz ./
# 再赠送一个非常实用的技巧：把代码写成dos下的bat脚本双击运行，默认以CMD模式运行的，如果SRR号很多，可写成循环或者并列多个，最后加一个pause（避免运行完之后一闪而退，看不到过程）命令。
ascp.exe -i “...\asperaweb_id_dsa.openssh” -k 1 -QT -l200m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz ./
ascp.exe -i “...\asperaweb_id_dsa.openssh” -k 1 -QT -l200m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz ./
ascp.exe -i “...\asperaweb_id_dsa.openssh” -k 1 -QT -l200m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz ./
...
pause

5. ascp使用举例

5.1 SRA（from NCBI）数据库下载

首先了解一下，打开网址，https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/可见下图，geo和sra目录存放数据的地方，熟悉否。要够聪明，层层寻找，直至找到，然后记下链接地址，就可以开始下载。
其次，ascp命令中“X1@X2:/dir”，X1用户名一般是anonftp，@后的ip地址private.ncbi.nlm.nih.gov，dir对应与你层层找到的地址。

# 放一个网站上的命令：这里多了-v参数，我看原作者说是开启唠叨模式（方便观察进度等），试了一下，会产生冗长的log文件，不建议添加（也同样可以看到下载进度）
ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra ~/biostar/aspera/

image.png

5.2 ENA数据库下载

首先，ENA网址：https://www.ebi.ac.uk/，如果我搜一个SRR1296133，见下图：

image.png
熟悉链接，你就会下载到关于要下载数据的ftp站点：

study_accession sample_accession    experiment_accession    run_accession   tax_id  scientific_name fastq_ftp   submitted_ftp   sra_ftp
PRJNA248376 SAMN02798072    SRX550564   SRR1296133  9606    Homo sapiens    ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR129/003/SRR1296133/SRR1296133_2.fastq.gz       ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR129/003/SRR1296133

其次，相对于NCBI的sra，这里的用户名：era-fasp，ip地址：fasp.sra.ebi.ac.uk
上面介绍参数的命令举例就是在下载此数据。

The End！（自己试试去吧）