2022-03-29 运行TCRdist

本来先运行find_cdr3_motifs.py但很多报错，在pycharm上版本不兼容，所有print后都没有括号，包是用python2写的，修改了pycharm上接收器版本但没有解决问题。

按学姐建议从readme上一步步来。安装命令python setup.py和run_basic_analysis出现报错如下，认为是python版本不兼容。linux上默认版本是3，包的版本是2。故修改版本。

查看linux上python版本（有2.7的，但默认为3.7）

cd /usr/bin/
ls -l python*

按网上教程修改默认版本时报：

提高权限，chmod依然不够，“Operation not permitted”

用chattr -i /usr/bin可以成功

重新配置python2 软链，报failed to create symbolic link '/usr/bin/python': File exists

ln -sf /usr/python/bin/python2.7 /usr/bin/python

一般教程解决办法是卸除resolvconf模块。
卸除方法：apt-get remove resolvconf

Linux在终端中输入命令“su”就能获取root权限。

成功了。继续python setup.py

先从装scikit-learn开始，pip list命令就可以查看已经安装的所有软件。已有numpy、matplotlib、ipython、pandas、nose、scipy。
pip install -U scikit-learn 成功安装。

dropbox连接不上。看网上说是封了。
从ncbi下载了blast。放到下载目录下。还未配置环境变量。
先运行了setup，但发现默认python版本又变回3。用上面方法不能修改，老师建议最好别修改系统默认的python，直接写python详细路径。
获得自己指定的python版本路径which python2.7
得到/usr/local/bin/python2.7。在脚本开头加上#!/usr/local/bin/python2.7 成功。记得每次用tcrdist都加上。
运行#!/usr/local/bin/python2.7 python create_and_run_testing_datasets.py

没有报错，但是没有这两个testing，也没有html。find testing是no such file。按学姐建议将命令里改成#!/usr/local/bin/python2.7 setup.py 依然看起来是“即刻”运行完了，没有报错

原因不知，先让学姐把理应会生成的testing文件发给我了。
先把学姐给我两个testing文件放在目录下了。
用test_small_human_pairseqs_v1.tsv示例数据试了一下，但是依然是没有报错，也没有生成文件。

#!/usr/local/bin/python2.7 run_basic_analysis.py --organism human --pair_seqs_file test_small_human_pairseqs_v1.tsv