导读
fasta、sam、bam相互转换。总结一下，可能不是最好用的方法。
一、fasta <=> sam
1. fasta => sam
# bowtie2比对获得sam文件
bowtie2 -1 *_1.fastq -2 *_2.fastq -p 16 -x prefix -S *.sam
2. fasta <= sam
cat *.fasta | awk -F"\t" '{print ">"$1"\n"$10}' > *.sam
二、sam <=> bam
1. sam => bam
# -@：线程
# -b：输出格式为BAM
# -S：自动检测输入格式
# -o：输出文件
samtools view -@ 16 -b -S final.sam -o final.bam
2. sam <= bam
samtools view *.bam -O SAM > *.sam
三、fasta <=> bam
1. fasta => bam
# bam -> fq -> fa
bam2fastq --aligned *.bam -o *.fq
2. fasta <= bam
samtools view *.bam -O SAM | awk -F"\t" '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fa
网友评论