Linux---Day3

春光明媚~~~

文件处理：（命令-参数-文件）

1. 创建新的文件：mkdir + 目录名
2. 查看目前文件：cat + 文件名
3. 查看文件具体信息：ls -lh + 文件名
4. 进入新的目录：cd + 目录名
5. more, q可以退出 逐步查看
6. less -S/-SN
7. pwd print working directory，显示当前路径
8. wc 查看行数
9. head查看前十行；head -1查看前一行
10. tail 查看末尾十行

三驾马车grep awk sed

grep -n 查找的内容 文件
| 管道
cat -n test.bed | grep H3K4me1 管道避免中间产生新的文件
rm 文件名 删除文件
cut

cut -f 1 test.bed ###提取第一列
cut -f 1-2 test.bed ###提取一到二列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1 ":" $2 "," $3}'

awk更加可扩展性
awk '{print $2}' test.bed输出第二列
sed
sort -k2, 2nr test.bed -k表明对指定列进行操作，-k选项都要带上指定列的范围(start, end),如果只指定一列，就为(start,start)了，像上面命令的2,2。n表示对第二列当作数值对待。默认当作character对待。（shell都是这么对待数值数据的）

wsx@wsx-ubuntu:~$ sort -k1,1 -k2,2nr test.bed
chr1    40  50
chr1    26  39
chr1    10  19
chr1    9   28
chr2    35  54
chr3    32  47

-r表示反向排序，可跟在-k之后。
tr 将一组字符变为另一组字符 (把什么东西替换成什么)

echo $PATH | tr ':' '\n'

微信截图_20200402164146.png

unzip + 目录名 解压