首先根据文章作者提供的metadata文件（图一），以及作者的count.txt.gz，随后读取成功得到metadata.csv和single cell_raw_scRNAseq.rds，打开metadata.csv是图4，发现sample不是GSM开头，所以sample_info.csv文件那里（图5）数据清洗选择title列为样本id所在的列名，样本分组信息所在的列还是tissue:ch1，批次效应列选了patient:ch1，去掉metastatic 组得到sample_info_sub.csv（图7），随后进行质控分析，运行完还是只有一个after_qc_sc_list.rds文件，期间试过把原作者的metadata文件的sample列换成GSM名字重新读取，质控后还是一样只有一个文件，不知道是哪里出来问题
随后
python部分 加载读取稀疏矩阵的mmread和构建数据框的pandas 读取10X单细胞矩阵文件： matri...
一、输入文件要求 运行infercnv之前，需要准备三个文件：1、单细胞表达矩阵文件；2、细胞类型注释文件；3、基...
项目结构： 1、读取单个文件 2、读取多个文件 所有文件 后缀匹配 3、转化为MultipartFile 需要引入...
数据下载 官网访问有障碍，直接去xena吧。 1.读取表达矩阵 2. 读取注释信息 3.表达矩阵和临床信息对应起来...
先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这...
1、读取excel文件 1.1 读取单个excel文件 直接用read.table()读取excel文件, 读取从...
问题 一、有的文章只提供TPM的单细胞表达矩阵，可以用seurat分析吗？ 二、分析流程和用count矩阵有什么不...
读取基因对应类型的数据 读取表达矩阵 把表达矩阵的中对应的lincRNA的基因挑选出来 最后 感谢jimmy的生信...
单细胞测序面临的一个不可忽视的技术问题，就是dropout事件（表达大量的0值，表达矩阵比较稀疏），如何克服这些噪...
视频单个读取StreamingAssets文件夹中的视频 视频多个按顺序读取StreamingAssets文件夹
本文标题：读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助2
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/sukakjtx.html
网友评论