药酒所用的药材要求品种纯正地道，并要注意同一药名不同品种的功能差异。如牛膝有怀牛膝、川牛膝之分。怀牛膝产于河南，含多量钾盐及皂甙等，临床以补肝肾、强筋骨见长；川牛膝产于四川，不含皂甙，临床有活血祛瘀功能。药酒制作时须按药酒的主治功能，进行适当药材选择，这类问题较为常见，当密切注意。
药材的加工炮制也要十分讲究，早在《千金要方》中，就提出。薄切就是加工的一项要求。有的则应轧成粗末，有些矿物及介类等药需轧成细粉，应煮的药材需切成短咀或薄片。适当地粉碎药材，可扩大药材与酒液的接触面，有利增加扩散、溶解。但不宜过细，过细使大量细胞破坏，使细胞内的不溶物，质、粘液质进入酒液中，不但不利于扩散、溶解，还会使药酒混浊。此外，对有些药物，还应根据需要，进行适当的炮制。既可减少某些药物的毒副作用，药用安全，又可增强或改变其药用效果。如附子生用有毒，经用辅料甘草和黑豆煎煮加工后，可祛除其毒性。生首乌有生津润燥、滑肠通便等作用，但经黑豆汁蒸煮后，却有补肝肾、益精血、乌须发的功能。
各种不同药酒所取的药材不同又有各自不同的加工要求。如冯了性药酒，在制作过程中，有些药厂用加热蒸制的方法，这不利于药汁和有效成分的摄取，而且对丁公藤还有去除毒性的作用。因丁公藤在初蒸时有一股腥臭气散发出来，这就是毒性的外泄，经蒸一小时后，逐渐转变为芳香，示毒性除尽，对冯了性药酒的使用，更为安全有效。又如虎骨酒中的虎骨，非常坚实，成分难于溶出，而且制酒时加热时间又不能太长，为了避免损失贵重的虎骨，可先熬成虎骨胶，再将胶溶于酒中。
至于《神农本草经》中说到 “药性有宜酒渍者，亦有不可入汤酒者，并随药性，不得违越”。说明有些药物不宜入酒，此观点后世很少提及，还当作进一步研究。如中国医学科学院肿瘤研究所对16种药酒中致突变物质作了初步检测，其中12种药酒不含有致突变物质，但有4种药酒含有致突变物质，虽然这些致突变物质不是二甲基亚硝胺以及二乙基亚硝胺，但也应引起重视。致突变物质大多可能来自药材贮存中受到的污染，或制备工艺流程中混进了致突变物质（包括原料酒中的致突变物质），但也不排斥对某些药材本身是否适应作为药酒成分进行研究
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