如何从UCSC获取感兴趣区域的BED文件

作者: 不想透明的小透明 | 来源:发表于2019-02-12 17:25 被阅读256次

如何从UCSC获取感兴趣区域的BED文件
重复区域注释
BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件
从官网获得BED文件
根据bam文件推测捕获区间（bed）/获取全部基因（exon）的
Reference gene model in bed form
基因组注释文件格式 --（一）BED文件格式
从vcf文件提取exon中的snp和Indel
常用格式
UCSC官网下载TSS.bed文件

2019-02-12

1. 首先进入UCSC的Table Browser：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

2. 按照下图例子进行参数设置

UCSC Table Browser提取BED文件举例

Tips: 将output format改选为“BED-browser extensible data”, output file一定要填写，如果空着的话即使选择了output format为BED格式也是输出网页形式; file type returned我一般都选择gzip compressed，下载相对快一些。

3. 点击Get output

如何从UCSC获取感兴趣区域的BED文件
2019-02-12 1. 首先进入UCSC的Table Browser：https://genome.ucsc....
重复区域注释
1.UCSC上重复区域文件rmsk.txt.gz 将rmsk文件根据重复序列分类需求转换为bed文件：grep L...
BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件
在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。后来请教健明...
从官网获得BED文件
可以从官网获得BED文件 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?comm...
根据bam文件推测捕获区间（bed）/获取全部基因（exon）的
1，将UCSC的refFlat.txt转换成bed文件基因全长bed refFlat.txt文件示例： hg19...
Reference gene model in bed form
使用UCSC的gtfToGenePre工具从gtf基因组注释文件可以获取reference gene model ...
基因组注释文件格式 --（一）BED文件格式
参考 UCSC数据文件格式基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件 1、简介注释文件就是基因组的说明书。...
从vcf文件提取exon中的snp和Indel
首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下：从vcf文件中提取位于exon区域的变异位点
常用格式
BED BED是一种可以用UCSC等基因浏览器查看的基因注释文件格式，若大于50M，则应使用bigBed格式前三列...
UCSC官网下载TSS.bed文件
1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefS...