研究背景
肾细胞癌包含多种亚型，其中透明细胞肾细胞癌（ccRCC）最为常见，约占病例的 70% 。可靠的肿瘤细胞标志物对于癌症的诊断和预后至关重要，目前仅有少数免疫组化标记物已用于 ccRCC 的诊断。此外，ccRCC 被认为是一种代谢性疾病，伴有葡萄糖和脂肪酸代谢的重编程，然而目前对于一些关键代谢酶的转录调控机制的了解仍不完整。VHL 基因的失活是 ccRCC 中最常见的分子病变，同时约 80% 的肿瘤还携带表观遗传调控因子和染色质重塑基因的非同义突变。BAP1 和 PBRM1 是继 VHL失活之后在 ccRCC 中最常突变的基因，它们的突变与不同的基因表达特征、mTORC1 激活程度和患者预后相关，但这些突变对肿瘤细胞染色质可及性和转录组变化的影响尚不清楚。尽管 ccRCC 存在显著的遗传异质性，但肿瘤细胞在转录组和染色质可及性方面的异质性程度以及患者内肿瘤亚群的最显著特征仍有待探索。因此，本研究旨在结合多种组学技术，深入研究 ccRCC 的表观遗传和转录组特征，以揭示其关键标志物和发病机制。
技术路线
研究结论
本研究结合snRNA-seq、snATAC-seq、空间转录组学、转录组学、蛋白质组学等多组学技术，对ccRCC进行了全面地分析，并鉴定出多个ccRCC 肿瘤标志物，揭示了肿瘤细胞异质性和关键通路变化。此外研究者对肿瘤细胞进行了再聚类，识别了肿瘤亚群中固有炎症和上皮间质转化两个显著特征。最后，研究者分析了BAP1和PBRM1突变对ccRCC转录和表观遗传调控的影响。总之，该研究结果有助于深入理解 ccRCC 的发病机制，为诊断、预后评估和治疗提供了潜在靶点和依据。未来研究可进一步探索这些标志物和通路的功能，验证转录调控机制，开展基于这些发现的临床应用研究。
结果展示
图1 snRNA-seq分析鉴定出了肿瘤细胞特异性标志物
图2 通过单细胞肿瘤亚群聚类揭示肿瘤内信号传导异质性
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