导读

上一篇：Phylophlan (一) 下载和安装。使用Phylophlan自带的测试数据，32个细菌的蛋白序列数据，存放在~nsegata-phylophlan/input/example_corynebacteria/文件夹中。使用蛋白数据分析这32个细菌在进化树上的位置关系。

一、输入文件

cd ./input/example_corynebacteria/
ls -alh
# 查看文件，如下：

    -rw-r--r-- 1 cheng WST  993973 5月  31  2017 C_accolens_ATCC49725.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  960388 5月  31  2017 C_accolens_ATCC49726.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1155110 5月  31  2017 C_ammoniagenes_DSM20306.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  950635 5月  31  2017 C_amycolatum_SK46.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1122345 5月  31  2017 C_aurimucosum_ATCC700975.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1004718 5月  31  2017 C_diphtheriae_NCTC13129.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1269305 5月  31  2017 C_efficiens_YS314A.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1297573 5月  31  2017 C_efficiens_YS314B.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  953468 5月  31  2017 C_genitalium_ATCC33030.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1122917 5月  31  2017 C_glucuronolyticum_ATCC51866.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1096676 5月  31  2017 C_glucuronolyticum_ATCC51867.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1325630 5月  31  2017 C_glutamicum_ATCC13032B.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1300615 5月  31  2017 C_glutamicum_ATCC13032K.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1303860 5月  31  2017 C_glutamicum_R.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  985711 5月  31  2017 C_jeikeium_ATCC43734.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  945146 5月  31  2017 C_jeikeium_K411.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  941388 5月  31  2017 C_kroppenstedtii_DSM44385.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  988619 5月  31  2017 C_lipophiloflavum_DSM44291.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1107897 5月  31  2017 C_matruchotii_ATCC14266.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1256303 5月  31  2017 C_matruchotii_ATCC33806.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1096831 5月  31  2017 C_pseudogenitalium_ATCC33035.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  879436 5月  31  2017 C_pseudotuberculosis_1002.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  882239 5月  31  2017 C_pseudotuberculosis_C231.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  894331 5月  31  2017 C_pseudotuberculosis_FRC41.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  880930 5月  31  2017 C_pseudotuberculosis_I19.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  969612 5月  31  2017 C_resistens_DSM45100.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1124033 5月  31  2017 C_striatum_ATCC6940.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  975616 5月  31  2017 C_tuberculostearicum_SK141.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST  928565 5月  31  2017 C_urealyticum_DSM7109.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 1288346 5月  31  2017 C_variabile_DSM44702.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 2447456 5月  31  2017 Streptomyces_outgroup1.faa
    -rw-r--r-- 1 cheng WST 3077788 5月  31  2017 Streptomyces_outgroup2.faa

cd ../../
# 回到phylophlan.py主程序路径

time phylophlan.py -u example_corynebacteria --nproc 16
# de novo系统发生/进化分析
# -u：使用用户提供的基因组数据构建系统发生树（进化树）

cd ./output/example_corynebacteria
ls -alh
# 得到两种格式的树文件，如下：

    -rw-rw-r-- 1 cheng WST  1437 10月  8 20:19 example_corynebacteria.tree.nwk
    -rw-rw-r-- 1 cheng WST 10746 10月  8 20:19 example_corynebacteria.tree.reroot.xml

二、ggtree画进化树

在linux系统中进入R，以example_corynebacteria为R工作环境。

cd ./output/example_corynebacteria
R

开始使用R进行绘图。
绘图代码参考原文：PhyloPhlAn

dir() # 查看工作目录
[1] "example_corynebacteria.tree.nwk"       
[2] "example_corynebacteria.tree.reroot.xml"

library(ggplot2) # 加载ggplot2
library(ggtree) # 加载ggtree
tree=read.tree("example_corynebacteria.tree.nwk") # 读取nwk文件
data=fortify(tree)

tregraph=ggtree(tree, layout="rectangular", size=0.8, col="deepskyblue3") +
  # 树体：树文件、树形、粗细、颜色
  geom_tiplab(size=3, color="purple4", hjust=-0.05) +
  # 枝名：大小、颜色、高度
  geom_tippoint(size=1.5, color="deepskyblue3") +
  # 端点：大小、颜色
  geom_nodepoint(color="orange", alpha=1/4, size=2) +
  # 末节点：颜色、透明度、大小
  theme_tree2() +
  # x轴标尺
  xlim(NA, max(data$x)*1.3)
  # x轴宽度
  
pdf("tregraph.pdf")
tregraph
dev.off()