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perl语言实现计数功能

perl语言实现计数功能

作者: 食品猪的生信鸡 | 来源:发表于2021-08-26 18:01 被阅读0次

这个故事要从蛋白组分析的数据说起,我想得到评价蛋白组数据质量的图片

蛋白组质量控制

当然我已经利用MaxQuant+Perseus软件得到了蛋白组的差异表达蛋白的结果,为了得到上图的信息,只需要从MaxQuant软件分析得到的txt文件中的proteinGroups.txt中提取出关键的数据:

proteinGroups.txt

我只需要将Peptide counts (unique)这一列提取出来,我放到了1.txt文件中:

1.txt

完全可以将文本数据导入到EXCEL表格中,利用列筛选的方式统计出Peptide per protein为1....20时,对应蛋白的个数,但是因为懒,我宁愿花上5分钟写个perl脚本,来代替烦碎和重复的操作,因此我写了一个perl脚本

#! C:\other_disk\D_disk_software\perl64 -w
use utf8;
binmode(STDOUT,":utf8");
#首先接受用户想要统计多少了数字的请求?
print "How many numbers do you want to figure out?";
#标准格式化出,将\n换行符删去
chomp($number = <STDIN>);
$number+=1;
#标量初始化,表明私有变量
my @as = (0,0,0,0,0,0);
#打开文件1.txt的内容,并且读入到文件句柄中
open(FH,"<1.txt")or die "file cannot open, $!";
#一行行遍历文件1.txt中的内容,每当出现对出现的1...20进行计数
foreach (<FH>){
  chomp;
  for($b = 1; $b < $number; $b = $b + 1){
    if($_ eq "$b"){
    $as[$b-1]+=1;   
    }
  }
}
close FH;
将计数后的最终的1...20对应的个数打印出来
for( $a = 1; $a < $number; $a = $a + 1 ){
  print "Number $a have: $as[$a-1]\n";
}

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