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查找一个基因的启动子序列

查找一个基因的启动子序列

作者: Y大宽 | 来源:发表于2018-11-16 18:26 被阅读290次

如何查找某个gene的promoter sequence?


promoter sequence of a Gene from Ensembl

--以Ensembl为例--

  • 1 打开上述Ensembl网址,选择物种,以示例中的BRCA2为例



    点击上图红框
  • 2 点击sequence


    点击sequence
  • 3 粉色背景红色文本为exons,第一个exon前面的sequence即为promoter sequence,默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp,按下面


窗口就会更新了。

  • 4为了确定是否正确(主要是TSS位点),可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
    复制ensembl的 promoter sequence

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