Linux中 生信分析- 批量提交任务

举一个简单需求：

有多个转录组数据需要比对到参考基因组
bwa mem ref_name read1 > read1.sam;
bwa mem ref_name read2 > read2.sam;
bwa mem ref_name read3 > read3.sam;
这样可以轮流一个一个比对，实际上这样也挺麻烦的，需要手动不断复制黏贴。
我们可以考虑使用更方便的方式
1.使用shell 脚本，写个循环处理多个数据的问题

for i in read*;do bwa mem ref_name ${i} > ${i}.sam;done

2. 使用shell或者其他编程语言写个生成命令的脚本

for i in read*;do  echo "bwa mem ref_name ${i} > ${i}.sam;" > "${i}.sh";done

再在服务器中批量提交任务，
for i in *.sh ； do qsub $i;

3. 使用 xargs 命令配合& 并行处理

ls read* | xargs -n 1 -I file sh -c 'echo " bwa mem ref_name   file >  file.sam &" '

4. 使用 parallel
   Linux下的并行神器——parallel
5. 使用 ParaFly

ParaFly -c cmd.list -CPU $threads