水螅体为圆柱状，身体内部为一空腔，由口与外界相通，也与触手相通，此为消化循环腔。其体壁由两层细胞构成，在2层细胞之间为中胶层。体表的一层为外胚层，这层细胞主要有保护和感觉的功能。里面的一层为内胚层，主要有营养功能。外胚层包括皮肌细胞、腺细胞、感觉细胞、神经细胞、刺细胞和间细胞。
在外胚层中皮肌细胞数目最多，皮肌细胞基部的肌原纤维沿着身体之长轴排列，如一层纵行的肌纤维，它收缩时可使水螅身体或触手变短。
感觉细胞分散在皮肌细胞之间，特别在口周围、触手和基盘上较多，其体积很小，细胞质浓，端部有感觉毛，基部与神经纤维连接。
神经细胞位于外胚层细胞的基部，接近于中胶层的部分，神经细胞的突起彼此连接起来形成网状，传导刺激向四周扩散，所以当其身体的一部分受较强的刺激时，全身都发生收缩反应，以避开有害刺激。
刺细胞是腔肠动物所特有的，它遍布于体表，触手上特别多。每个刺细胞有一核位于细胞之一侧，并有囊状的刺丝囊，囊内贮有毒液及一盘旋的丝状管。
间细胞，主要在外胚层细胞之间，可以分化成刺细胞和生殖细胞等。
内胚层包括内皮肌细胞、腺细胞和少数感觉细胞与间细胞。在内胚层细胞的基部也有分散的神经细胞，但未连接成网。
腺细胞在内皮肌细胞之间，分散于内胚层各部分。腺细胞所处的部位不同，其功能也不一样，如在垂唇部分的可分泌粘液，在滑润作用，使食物容易被吞进去；在消化循环腔内的，则能分泌消化酶消化食物。
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